至于第二使徒莉莉丝，如今的处境同样好不了多少。
灵魂被注入到了碇唯的复制体绫波丽的体内，肉身虽然还剩了半截，但生命果实却已经被转移走了。
就剩下了一半的躯壳，还被朗基努斯枪抑制着自我恢复能力。
如今，她的生命果实正处在初号机胸口的红色圆球里。
可问题是，也不知是有意的，还是因为没那份技术的缘故。
nerv当初在制造初号机的时候，尽管生命果实已经就位，肉身也因为直接来自于莉莉丝的缘故，先天就有着s2机关这种特殊结构的存在。
但初号机的s2机关，却一直处在关闭的状态，用尽了各种方法都无法开启。
不得已之下，碇真嗣的母亲，碇源堂的妻子，天才科学家，狠人碇唯，竟是自己一个人就策划与执行了一套大胆的计划。
即~在驾驶初号机的时候，让自己进入到初号机的脊柱与生命果实连接的最中心处，人为的融入到了初号机之中。
进而以自己的灵魂来达成对使徒的接管与连接，从而形成了一种变向的中间传输系统。
这样一来，在必要的时刻，碇唯便可以作为连接生命果实与初号机的桥梁，爆发出强大的力量。
不过，仅凭着碇唯一个普通人类女性的灵魂，显然无法使这种状态持续太长的时间。
幸而作为莉莉丝肉身的一部分，初号机本身的质量毋庸置疑，即使没有匹配灵魂的协助，同样也能诞生出一些本能的身体意志力。
两相结合之下，倒也没有对碇唯的灵魂造成多大的负担，反而有着一定的滋养作用。
只是在滋养的同时，初号机那强大的原始本能，却也赋予了对方一些额外的属性。
某些时候，甚至还能反过来去支配碇唯的行为。
比如，原著剧情中，初号机就在本能的支配下，通过吞食第十四使徒力天使，来激活了体内的s2机关，从而获得了永久性的机体活力。
但在事后，因为碇唯灵魂的节制，倒也并没有去大肆的对周围进行破坏。
嗯，这是tv版里的剧情。
等到了剧场版中的时候，在暴怒的碇真嗣的意愿下，在老母亲碇唯的协助下。
两者合力所爆发处的灵魂力量，竟然直接使得初号机原本关闭的s2机关直接觉醒，从而获得了强大的力量。