后来，送给桂小太郎桂的伊丽莎白离家出走了一年桂才发现，托万事屋去寻找却找回了自己这一年间的记忆。
伊丽莎白的前女友透露了莲蓬一族，要占领地球的阴谋。
陆奥和坂本来到地球，带桂小太郎与万事屋一伙去莲蓬母星交涉，其实莲蓬一族就是作为快援队带来地球的。
在母星上，桂小太郎去阻止莲蓬的先锋部队，却因为所乘高达被炸毁而流落太空。
在伊丽莎白与米堕卿对战处于下风时，桂小太郎出手相助，与伊丽莎白并肩作战。
桂小太郎救助了被定春砸到而失忆的德川茂茂，并邀请他加入攘夷志士。
而桂小太郎自己却在和茂茂的关于如何做领袖的论战中完败，两大敌对势力的领袖在上演了一连串闹剧之后达成了暂时性的和解。
桂小太郎为了从内部瓦解真选组，而化名柱阿腐郎去参加了真选组的选拔考试，被编入三番队。
桂小太郎真实目的是，要利用真选组的局中法度肃清真选组干部。在三队长要被处刑之前，阴谋被万事屋戳穿。
将军德川茂茂遇刺身亡，桂小太郎因为在微笑酒吧内引起混乱，协助银时与土方逃跑被捕入狱，关在近藤勋的对面。
桂小太郎给了近藤假死药，计划在行刑前越狱，在天道众伪装的狱卒要暗地里处死他们时越狱。
桂小太郎逃出黑绳岛时，为掩护近藤而腹部中弹，在伊丽莎白的协助下，才成功逃离。
桂小太郎又在之后，协助残余的真选组逃离江户。
在一切风波平息后，来岛又子出现在了桂小太郎与银时躲藏的秋叶原，和武市一起带来了第七师团遭到神晃袭击，高杉晋助与神威下落不明的消息。
为了救助曾经的同学与战友，桂小太郎与银时和坂本一起开赴太空，去夜兔的母星——烙阳星。
在路途中攻击了同样要去烙阳星的幕府舰队，并俘虏德川喜喜。
抵达烙阳星后与春雨发生战斗，桂小太郎与春雨第四师团师团长猩觉展开激战，并取得最终胜利……
来天道楼之目的：……
陈麒麟查看完对方的资料后，微笑道：“桂小太郎，欢迎你来到天道楼！”
桂小太郎闻言，不禁微微一愣。
他朝着声音传来的方向看来，他没有想到，居然在这天道楼里面还有人认识自己。