后来，在拯救伊丽莎白过程中，充分显示了服部全藏的超强实力。
他不仅忍术超高、把苦无扔得眼花缭乱，短刀也用的出神入化、和阿银拼得难分难解，甚至连传说中的“天马某星拳”也比划得有模有样。
但是，结果还是被银时等人的杂牌军打败了。
忍者仍然是忍者，并不会像武士一般，为了武士道拼命，他们有自己的法则。
服部全藏还是个令人感动的孝子……
将军德川茂茂疑似被服部全藏斩首。
不过，德川茂茂将军并没有死，是服部全藏为了保护将军设的骗局
之后，服部全藏在飞船与高杉晋助的鬼兵队发生交战，即将被鬼兵队杀死时被猿飞菖蒲所救，并称全藏为“御庭番众的老大”。
在被猿飞救下后，不想拖累猿飞让其撇下自己逃走，但被猿飞含泪拒绝。
之后，全藏陷入昏迷状态。
在到达逃离点时，猿飞遭到高杉和神威偷袭身受重伤，千钧一发之际被服部全藏投出的苦无挡下致命一击。
全服部全藏向猿飞表达了心意：“一直以来做傻事的都是我，阻止我的人总是你，所以你不要道歉，也别妄想随便走在我的前面。
虽然我这人喜欢丑女，但是猿飞……你哭泣的那副丑死人的样子我实在不忍直视，再也不让你在我面前哭了。”
不过，猿飞菖蒲并没有接受对方。
随后两人双双受伤。
好在最后，两人等到了将军和万事屋的支援，两人成功得救。
后来，伤势已经好转的服部全藏，在河边于百地乱破口中悉知将军的死因，淡淡地道出：“如果当初没遇见我们，将军或许就不会死。”。
同时，他否认自己作为将军朋友的资格，认为自己到头来什么都没拯救回来，只是一个沾满了朋友鲜血的大罪人，并拄着拐杖自负离去……
来天道楼目的：……
陈麒麟查看完对方资料后，淡淡道：“服部全藏，欢迎你来到天道楼！”
服部全藏闻言，不禁微微一愣。