方腊见情势危急，急令部下带领大部队突围，他自己带领一小部分人员，牵制官兵。
方腊手下几大元帅均不同意，纷纷说道：“圣上，您带着部队突围，我们给您打掩护。”
方腊闻言，急令道：“情势危急，不要再争了。与你们相比，我的目标更大，童贯那个佞贼盯得是我，不是你们，只要你们能安全突围，便是留得了青山，何愁没有柴烧？你们要保全力量，继续战斗。”
说完，方腊拖着已经受伤的身体，带领一小队人马，突然杀向官兵，以此吸引官兵注意力，掩护其他人突围。
冲至官兵阵中的方腊，挥舞着大刀，接连砍死数十名官兵。
方腊的刀刃砍得卷了起来，不能再用；于是，方腊便跳下马，举起一块块石头，使劲地掷向官兵。
官兵中，有认得方腊的，大喊一声：“此贼乃方腊！”
官兵闻听到对方是方腊，争功心切，挥舞着刀枪，围了上来。方腊身边的石头也投掷完了，只能赤手空拳地与官兵对打。朝廷官兵见方腊已是困兽犹斗，纷纷冲上去，抢着砍方腊的头，好回去邀功。
可惜方腊没有陈硕贞的运气，此时，除了汹涌而上的官兵外，并没有凤凰飞至自己身旁，他好骑了凤凰离去。当时方腊，身陷众围，寡不敌众，被官兵一阵大刀，砍成了肉酱。
自此，方腊起义被灭，余众也陆续被征剿。
关于方腊的死，这是一种说法，似乎不甚有意思。
另一种说法来自《续资治通鉴》。
据说，宣和三年四月，王渊的裨将韩世忠，潜行至清溪溪谷，向一妇人问路，说要进峒去捉拿方腊。地方民众也恨方腊滥杀无辜，欺男霸女，为非作歹。那妇人便指给了韩世忠进峒的路径。
韩世忠带着手下三十余名兵卒，冲入峒中。
峒中，方腊正拥抱着一个妇女在取乐。
方腊见韩世忠杀至眼前，急推开了怀中拥抱着的美妇，跳将起来，和韩世忠格斗。
那韩世忠也是个有力气的人。年轻时，韩世忠于大江游泳，一个大蟒蛇要吃他，他愣是用两手掰住了大蟒蛇的上下唇，终是用计斩杀了大蟒蛇。
那方腊再猛也猛不过大蟒蛇嘛！
现在，韩世忠与方腊斗成一团。
角斗中，韩世忠猛然转身，待方腊来攻他时，伸出一臂，将方腊死死勒住。方腊被勒的差点噎过气去，韩世忠遂捆了方腊，押出峒去。
守候在峒口的是韩世忠的顶头上司辛兴宗。那辛兴宗见韩世忠逮了方腊，命部下将方腊接收，把逮了方腊的功劳记在自己头上。