提升澎湖驻军等级，由“南路节制”改为“副总兵衙门兼协守职衔”，提高了澎湖守军的军事决定权；
增加兵饷，汛期不准撤防，常年驻守澎湖；
兵部专设东番游击一员，一月之内，率兵五百驻防北港；三月之内，增至一千；
并于北港建衙，增知州一人，同知、判官、吏目等官一应随行；
在东番避免与土著发生冲突，要好生安抚，和平共处；
勘察并确定最安全的航线，保证以后漳、泉、金、厦至东番航路畅通；
派海船至肇庆，运红夷大炮十门，加强沿海要地防御；
南居益有点懵逼，这是怎么了，兵部行文如此紧急，还规定了期限，要出什么大事嘛？
刚接完兵部行文，南居益便又跪接密旨。看过之后，南居益差不多明白了，这是圣上的意思，兵部才催得如此之急。
在密旨中，朱由校强调了澎湖和东番的重要，提醒南居益，红毛夷退出澎湖未必会善罢干休，可能还会纠集舰船兵员来犯。
同样，朱由校也严令南居益必须抓紧进行各项布置，越快越好。澎湖和东番驻军要精锐，多配备火器。
“东番为海上荒岛，势控东南，地肥人稀，今当先取其地，不断迁民开荒屯垦……”
朱由校在密旨中还给予了南居益募民去台的权力，也就是说，南居益可以灵活制定些优惠鼓励政策。
更让南居益感到吃惊的是，少年皇帝拔内帑二十万，作为各项布置的花费，可见其心急迫切。
越快越好，重赏之下必有勇夫，南居益由起初的为难，转而安下心来。
有钱好办事儿，银子给到位，派人驻兵都不成问题。
钦使宣旨完毕，没有马上下去歇息，而是一屁股坐下来，对着南居益说道：“杂家奉旨办差，南大人也要忠心国事，抓紧把皇爷交代得都办好啊！”
南居益赶忙拱手道：“钦使放心，本官这就召集会议，把工作布置下去，肯定让圣上满意。还请钦使回京向圣上……”
钦使用力摆手，打断了南居益，尖着嗓子说道：“这可不成。皇爷差杂家和这两位锦衣卫兄弟前来，一是传旨押运银子，二是在福建等着。所有事情做好了，才敢回京复命。”
停顿了一下，钦使又强调道：“若是南大人完成不了工作，或是超了期限，皇爷说了，让杂家等人直接跳海里，不用回去了。”
南居益眨眼咧嘴，一时不知该说什么好。