黄斐出自东江军，是原东江镇总兵黄龙的外甥，后来以继子身份承袭黄龙军职。
其因为与黄得功同姓，又脾性相投，结为兄弟。
历史上，黄斐与黄得功虽然在铜陵击败了左梦庚的几十万大军，但自身也损失很大，黄得功更是一条胳膊受伤差点断掉。
所以，两人战后修整军队就需要花不少时间。
而且左梦庚的几十万军队只是被击败、溃退，并非被两人全歼了。
除二十多万兵马被左梦庚等人收拢退走外，还有很多被打散，成了败兵、流贼。
于是，南京朝廷就让两人在太平府驻守，在修整军队的同时剿灭这些败兵、流贼。
再加上，当时南京说是京营就有二十万人，且城池高大坚固，又有长江天险可以依仗，正常来讲，即便清军再厉害，南京守几个月也不成问题。
两人万万没想到的是，朱由崧听闻清军渡江而来，攻破镇江，吓得撇下城中臣民、军队出逃。
南京则在阮大钺、钱谦益等大臣的带领下直接开城门降了清···
朱由崧跑到芜湖来向黄得功求庇护，两人才得知这消息。
再后面，黄得功因轻忽大意中箭身死，其麾下好几个总兵一合计，就抓了朱由崧，率领着黄得功的绝大部分军队降了清。
面对如此情况，黄斐却没跟着降清。
他率领两万水师顺江东下，想要去找时为弘光朝廷靖虏伯的郑鸿逵会师，以谋求继续抗清，谁知郑鸿逵早率领郑家水师跑了。
于是黄斐只能避入太湖。
在后面清军南下势头最勐时，他仍坚持抗清，被江南多支抗清义军视为盟主。
可惜清军得众多降军之助，势头太勐，黄斐仅坚持了两个月，就在退往舟山时兵败。
他当时身重三箭，便让一家三十多口跳水自杀，自己也跟着。
却被清军捞了起来，逼其投降。
他不肯投降，便被弄到了左手。
后来被送到南京，由洪承畴劝降，他却大骂洪承畴，于是又被弄断了右手。继续骂，又被割掉舌头。