闫涛安排的剧情，节奏一次比一次快，黑暗梅菲斯特被千树怜解决后，光传承给了西门凪。
黑暗扎基来了！
作为诺亚的黑暗面，杀死西门凪的父母，黑暗浮士德与黑暗梅菲斯特等事件的幕后黑手，石堀队员竟然是黑暗扎基？
仇人见面，分外眼红！
西门凪被仇恨蒙蔽双眼，又因仇恨让扎基变得更强大，即将被黑暗吞噬同化。
幸好，谷一辉接过了重担。
当人们想起当年的“the”事件，开始为奥特曼加油打气时，谷一辉终于明白了何谓觉醒，变成了诺亚奥特曼。
值得一提的是，此时的诺亚并没有“时空之翼”。
尽管如此，诺亚毕竟是诺亚，还是以压倒性的优势战胜了扎基。
但异生兽还未灭绝！
蠢蠢欲动的黑暗，让诺亚不敢大意。谷一辉通过tlt内部档案知道，石堀队员并没有消失，他似乎吸收了扎基的能量。
他究竟是谁？
扎基已死，为何石堀犹存？
然而这个人太神秘了！
自从扎基一战后，世上仿佛没有“石堀”这个人，无论谷一辉怎么寻找，始终找不到他。
然后便过了三年！
姬准重操旧业，参加中海摄影大赛夺得了金奖！千树怜辞去了tlt职务，回到游乐园陪未婚妻经营餐厅。
西门凪恢复了！
她被提拔为夜袭队队长，谷一辉担任副队长，两人作为金牌搭档，在这三年里将“异生兽”带来的危害降到最低，人类社会恢复安宁。
但谷一辉仍旧不安。
诺亚的光芒告诉他，黑暗从未消失过，眼前的安宁祥和不过是一片假象。