马世英在扬州兵马不到两万余人，清军在孔有德、耿仲明、尚可喜三藩王率领下发起总攻，马世英率领军民抵挡三天三夜，终于挡不住清军潮水一般进攻。
在清军猛攻下，扬州城内明军叛乱，马世英被迫放弃扬州城，只带着少数心腹和亲兵逃回到南京城。
扬州城被攻破，南京城城内军民风声鹤唳，朝廷大臣武将有投降清军之意，城内守军军心涣散，南京城几乎成为一座不设防城市。
弘光帝不敢在城内驻守，带着数千将士前往黄得功军营，黄得功在河南被清军击败后，撤回到南直隶，在辖区内聚拢各地兵马，麾下兵力得到恢复，全军有六万余人，在他率领下在芜湖组建防线。
黄得功以为南京城可以坚守数天，他可以率领部队从芜湖突袭清军后军，可当知道陛下放弃南京防守，来到他的军营后，黄得功几乎崩溃。
他虽然痛心弘光帝放弃南京城，却还是带着陛下坚守芜湖，弘光帝从南京城到芜湖后，南京城不攻自破，城内数十万军民降清。
豪格带着部队进入南京城，本应该是多铎率领大军进入南京城，因为聆敬阳到来，变成豪格进入南京。
但是南京城终归是被清军攻破，豪格占领南京城后，又得到兵马数十万，他让三藩王挑选精兵，把一些老弱病残遣散回家，又下令部队继续进攻弘光朝廷其他军队。
此时弘光朝廷在南直隶，就剩下黄得功一部兵马实力较强，其他的不是散兵游勇，就是一溃千里追都追不上的溃军。
清军调集重兵进攻芜湖，黄得功率领部队在芜湖浴血奋战，历史上黄得功率领部队抵抗清军，但由于部下投降，黄得功被叛徒偷袭负伤，壮烈牺牲。
但是这一次他的部队没有叛贼，而是跟着他一起抵抗到底，因为那些叛贼跟着他北伐，不是死在中原，就是在中原投降清军，跟着撤回到南直隶的，都是和清军有血海深仇的将士，不能存在临阵投降。
因为黄得功在芜湖提前布置防线，又占据防守位置，清军一时间没有攻下芜湖，反而损失不少军队，气得豪格亲自率领部队进攻黄得功。
黄得功沉着应战，在芜湖一战斩杀叛军数十名将领，还烧毁清军一百多艘战船，打得清军不敢进攻。
豪格把主力部队都用来进攻弘光朝廷部队，在浙东的鲁王
部队，见弘光系军队被击败，再不支援下一个就要被清军消灭，鲁王令张煌言，张名振领兵驰援南直隶。
整个华东地区，还有一战之力的是福建地区的郑成功部队，此时郑成功在郑氏集团中并不是一把手，郑氏集团一把手是其父亲郑芝龙。
郑芝龙没有发兵救援南直隶，而是等待弘光朝廷灭亡后，拥护福建的唐王，
失去最强战力部队支援，张煌言和张名振并没有气馁，带着鲁王系主力部队从宁国府驰援黄得功，豪格在宁国府兵马不多，宁国府守军被鲁王兵马击溃，兵峰直抵应天府。
豪格大惊，被迫放弃进攻黄得功，率部回援应天府。
清军和鲁王系军队在应天府溧阳决战，鲁王系兵马不多，却同仇敌忾，清军兵马多实力强，却也有一个弊端，一路势如破竹，收编大量降兵降将，又因为步子迈得太大，没有来得及消化吸收降军。
打顺风战役时，尚能够一起发力，打得明军抱团鼠窜，逆风时，降兵降将再一次发挥本色，望风而逃，清军和鲁王军队战争中没有第一时间攻下明军，请军中又大量降兵自行溃散。