一场惨烈的人机大战后，机器最终占领和统治了地球，把人类当做能源的提供来“种植“；与此同时，为了维系人类的繁衍生息，确保能源产量的稳定，机器通过某种机器向人类提供精神生活的假像，这就是matrix（矩阵）。抛开计算机原理不谈，这里面有两层含义，一，matrix是机器的机器，用于生产能源，一如人类生产粮食所使用的工具；第二，matrix得以实现的原因是基于所谓的人类“意识论“（可参考网上各种关于帕拉图哲学的解说）。
matrix做为生产工具，唯一的衡量标淮是生产效率的提高。the architect（架构师）设计的第一代matrix是按人类理想设计的一个完美的世界，原以为人人会安居乐业，但却不想由于人类的劣根性，导致人类（或称“粮食“）大量坏死，于是，the architect只好按照人类的实际情况设计了一个与现实相符的世界。
即便如此，人类天性中独立、自由的意识仍然不能泯灭。于是matrix之父the architect与matrix之母oracle（先知）合作，把一种“假想“的选择权赋予人类，让人类以为进出matrix是自己“自由“选择的结果，这就是zion的由来。可zion的五次重建与五次毁灭，证明了人类仍然被一种循环论所控制；
此外，机器也找到一种通过与人类生生不息的抗争意识做斗争的方法，不断改良和升级他们的“粮食“生产工具。（这个过程，一如人类与土地斗争的历史，直到生产工具的改进和剩余产品的出现，人类才摆脱了土地的束缚，诞生了辉煌的文明。具有ai智能的机器也是通过不断改良生产工具来追求自己的机器文明的--机器正重走着人类文明发展的必由之路。）
这，也算是人与机器之间一种和谐共存的良性互动关系，只是其原则由原来人类居统治地位的“人类中心论“变成了机器占领地球后的“机器中心论“而己。在哲学意义上，这两个命题是等值的，或者直截了当地说是同样错误的--即然“人类中心论“导致人类盲目狂妄自大，漠视机器的存在，最终走向自我灭亡，那么“机器中心论“也将同样导致机器自身的毁灭。
导演沃卓斯基兄弟的想象力从这里开始展开：机器国度内的统治莫非也和人类社会一样，有国王deus ex machina（机器大帝）；有当权的统治者the architect，其维护matrix秩序的统治原则就是“机器中心论“；还有意识到“机器中心论“潜藏着巨大危机的改革派oracle；以及在matrix升级过程中被淘汰的、腐朽没落的贵族阶层merovingian，他们为了自身的存在而顽固抵抗，是阻碍机器社会进步的反动力量。
三、故事的开端：《matrix1》
代表机器国度“潜在“的进步力量的，还有the one（救世主）。在这里，我明确提出the one肯定是机器，其次，the one是升级程序，他是用来测度和监控人类反抗意识的，这个程序可赋予任何人，当他被唤醒，就标志着人类对机器的抗争已经达到了某种不能为继的程度（在《matrix2》中表现为“这几个月，我们从matrix中解放的人比以前的总和还要多“），此时the one就要站出来，通过the keymaker（开锁匠）回到源程序，完成matrix系统的升级。
这种升级，即是工具的进步，同时也是机器对人类控制的加强，而在思想上，则是“机器中心论“的恶性膨涨。oracle并非如一般人想像是站在人类这一边（所谓的“人类解放者“），她是程序，必然要最大化地维护机器的利益，她不过是机器国度的第一批“觉醒者”，在看到了这种“机器中心论“的毁灭性危机后，她决心借matrix即将第六次升级之机，在行动上，向the architect的统治发起一场冲击。这，不啻于一场暴风骤雨的社会革命。
如果电影《matrix》讲叙的是matrix前五次往复升级的故事，将毫无意义。故事要从变化开始：面对the architect的统治，oracle的改革目标，是要把进出matrix的选择权由假变真，还给人类；而她行动上的第一步，就是争取the one（在前五次升级中，the one无所谓立场，也没有独立意识，他的选择权也是虚幻的，他只为升级matrix、改良机器的生产工具而存在），从而让the one在《matrix2》中回到源程序时，做出与前五任相反的决择；
这当然也严重威胁到matrix系统的生存。oracle要把革命意识“灌输“给具有实践能力的the one，她的办法是“爱“。如果一定要追问为什么，我只能说广义的爱是社会进步的唯一原动力，也只有爱才能帮助the one同时感悟机器与人这两个矛盾对立双方的疾苦，从而深刻反省人机关系及其未来。
直到《matrix3》，我们才理解沃卓斯基兄弟对爱的理念：爱不过是一种关系而己，可以发生在任何有意志的事物之间，既有人与人之间的爱（象morpheus（墨菲斯）和niobe（另一个船长）），也有机器之间的爱（象rama和他的妻子（火车站一家三口）），oracle选择了其中最危险的一种类型：机器与人的爱。她以先知的口吻，唤起morpheus对the one的信仰与热情（他俩在并肩战斗中结下了深厚的手足情谊），又引导trinity（女主）爱上了植入the one程序的neo。
无论《matrix1》是部怎样的电影，如果你看懂了这是一个几乎与经典言情片一样伟大的爱情故事，就足够了！影片从trinity爱慕neo开始，历经了爱情磨难的全部痛苦：关心、思念、信任、奉献、牺牲、生死与共……直到影片的最后时刻，neo从一场荡气回肠的绝杀中死而复生，与trinity深情一吻，方明证了两人之间的爱情。说《matrix1》简单易懂，是因为影片要讲叙的故事以及最后的高潮比较简单：the one恋爱了！虽然埋着人机相爱的伏笔，但这有什么关系呢，在导演眼中，所有的爱都是一样的，所有爱的历程都同样艰辛。
爱情第一次改变了the one的属性（在不具备爱之前，neo不是oracle心目中的the one，是故她当面否认），neo站到oracle这一边，革命燃起了希望的火种。但，正因为我们看完了整个《matrix》系列，所以我们知道neo是机器，他存在的目的就是为了机器的升级，他将在爱和使命中挣扎，他最终选择了牺牲。所以接下来，我们将满怀痛苦地看着一场爱情悲剧无可避免地上演。
革命开始了！oracle抛下了骰子，冒险一赌，以后发生的事，她再也无力控制，这就是革命的代价，不是成功就是毁灭，变革的道路充满了重重困难和危机，而身居其中的任何人也不知道，这一切又将何去何从？
四、故事的发展：《matrix 2：reloaded》
这里插一笔，把《matrix 2：reloaded》译成《重装上阵》比《冲出矩阵》要更符合原意得多，因为第二集在整个系列当中，属剧情的发展，讲叙的是neo以“觉醒之眼“巡游matrix和zion，同时体味机器与人类的疾苦，切身感悟全人类即将遭到灭亡的危机，深入反省人机关系的矛盾，最后终归要回到matrix，完成系统升级（reloaded）的使命的故事。
neo在《matrix 2》中的历程应该与他的前五任the one大体相同，因此作为故事，其中最有趣、也最值得叙述的就是已经具有爱的属性的neo与前五位the one的区别之处。请大家在阅读下文以及观看影片时，在心中时刻保持着这种比较。
在人类即将遭到毁灭的恐怖前景下，neo、morpheus和trinity杀回matrix，寻找oracle；与此同时，matrix第六次升级也即将开始，与升级有关的oracle、the keymaker（开锁匠）也遭到抗拒升级的merovingian（法国人）的追杀和封锁。neo与oracle在危机四伏的环境中秘密会面。此时，the one的属性已经改变，oracle虽然争取到了neo，但却无法控制neo下一步的行动，所以她在照例指明the one去夺取the keymaker之前，则以长篇谈话暗示neo，你已被改变，你就要作出去营救trinity的选择，但你必须认清自己的使命：你也是程序之一，你必将回到源程序。
以后的剧情讲叙故事发展必须交待的两件大事：一是跟随neo，我们首次看到了zion的人类生活实景，在整个旅程中，neo带着对trinity的无限深情俯视爱人生活的美好家园，没有这片土地，他的爱也就不复存在。
第二件事就是夺取被merovingian囚禁的the keymaker。请留意merovingian与情妇perse phone合谋演戏窃取the one代码的一场戏（这是neo在第三集里被merovingian囚禁的原因）。若比较前五位the one，可以想到，如果没有neo对trinity的爱，索吻一幕绝对不可能发生（persephone要求neo必须吻得象吻trinity一样深）。