他不是一个单纯的人，而是严格要求自己的士大夫。
后来永乐帝朱棣靖难，攻克南京，建不知所踪。
朱棣颁布奸臣榜，方孝孺榜上有名。
方孝孺第一个被捕，但却是朱棣亲自，礼贤下士一般的捕去。
早在朱棣攻入南京之前，朱棣的谋士，赫赫有名的布衣宰相姚广孝对准了皇帝，千叮咛万嘱咐。
千万不能杀了方孝孺，他是天下士人的领袖。
若方孝孺死，天下读书种子绝矣！
若方孝孺这样的人不能承认你，那你永乐大帝在士人的心，永远都是篡位！
在紫禁城的大殿，朱棣恳求方孝孺起草登基诏书。
方孝孺一身孝衣，为建帝戴孝，怒斥朱棣。
在朱元璋所有儿子，朱棣的性格最像朱元璋，你若不能为我所用，必杀之。
但是面对方孝孺，朱棣竟然耐着性子，温和的劝解。
最后说道口干舌燥，也没有口出恶言，只是说，先生这是我的家事，请您为我起草诏书。
然而方孝孺只给他写了几个大字，死即死，诏不可草。
朱棣强忍心的怒气，问他，你不怕死吗？不怕诛九族吗？
所以，后来有了世人耳熟能详的那句话，你杀我十族有何妨？
朱棣再也忍不住了，朱家人都是暴脾气。
朱棣诛了方孝孺十族。
当着方孝孺的面，把他的亲人，门生，故旧全部杀掉。
方孝孺始终默默流泪，那摆在他面前为朱棣起草登基诏书的纸笔，始终没有动过。
杀了七天，在杀死整整847（也有说873）人之后，方孝孺慷慨赴死。