负责连接南北防区，同时防守中部沿海滩涂，防止同盟军中部登陆。
一个乙种师团驻守台南，掌控台南城区及周边平原地带，
依托台南古城墙与临时构筑的工事，防守南部内陆区域。
最后一个乙种师团驻守高雄，与高雄港海军陆战队协同防御，
负责高雄港外围陆地防御，保护港口核心设施，构建南部防御主力。
两个独立混成旅团战斗力最为薄弱，属于日军的补充性部队，
士兵多为战场老兵、伤愈归队残兵，还有临时征召的殖民地壮丁。
部队编制混乱，武器参差不齐，重武器几乎为零，
全部部署于台湾东部花莲、台东等山地区域，远离核心战场。
东部山区地形复杂，丛林密布，山路崎岖难行，
日军妄图依托山地地形，固守山区要塞，防止同盟军迂回登陆包抄。
同时，这两个旅团还承担着封锁山区、镇压当地百姓反抗的任务，
即便战事爆发，也难以抽调兵力支援南北核心防区，只能困守深山。
海军陆战队三个联队，是日军海上防御的核心力量，
分别驻守基隆港、高雄港两大核心港口，分工明确，各司其职。
基隆港海军陆战队联队，依托港口防波堤、碉堡、水下障碍，
构建海上第一道防线，配备岸防小口径火炮，阻止同盟军舰艇靠近港口。
高雄港海军陆战队两个联队，兵力更为雄厚，
分别防守高雄港外港与内港，加固港口防御工事，埋设大量水雷。
港口周边遍布钢筋混凝土碉堡，暗堡火力点交叉密布，
岸防炮阵地隐蔽于山体之中，形成立体式港口防御体系，易守难攻。