水面自卫武器，配备一门七十六毫米高平两用主炮，可打击小型巡逻艇、无武装商船。
指挥塔后方加装单装或双联九十六式二十五毫米防空机炮，应对低空反潜战机突袭。
一九四五年大量残存吕三十五型潜艇，拆除部分附属设备，加装回天特攻鱼雷导轨。
单艇可搭载两至四枚人操特攻鱼雷，从常规作战潜艇转型为自杀式攻击载体。
另一款吕一百型为战时简化量产型号，专门适配本土、东海、南海近岸防御任务。
艇体全长六十点九米，艇宽六点一米，水面标准排水量六百零一吨，水下七百八十二吨。
整体尺寸、吨位、结构强度全面缩减，建造工期更短、成本更低，适合战时快速量产。