二进设香亭与东西廊庑，香亭专供焚香陈设初礼供品，两侧廊庑雕饰祥云纹路，为官员祭祀休憩之所。
庭院左右分列钟鼓二楼，形制精巧，晨钟暮鼓礼制齐备。
三进献殿面阔三间，为祭祀大典核心之地。
凡陈列太牢祭品、诵读祈福祝文，皆在此举行，殿内礼器案几排布有序，青石地面一尘不染。
殿后一青石甬道直通主殿，两侧松柏掩映，清幽肃穆。
走过青石路，便来到全祠核心的玄清宫正殿，面阔五间，覆尊贵绿琉璃瓦，檐角五兽列立。
殿体斗拱精巧，梁枋玄云纹素雅庄重。
正殿坐落于双层青石须弥座之上，殿前月台开阔，石栏古朴。
殿内正中设描金雕龙重檐神龛，庄严的玄清公神像端坐其中。
旁列香案祭器，地面铺置云锦软垫。
祠宇西北角设神厨、库房，用以制备祭馔、收纳礼器。
东南角筑青石焚帛炉，专焚祝文帛书。
朝廷多年未有神祭未修神庙，杨天护是特地查了营缮司中的资料，按照古制来建的。
用时近一个月，最后总算卡着定好的时间，满意完工。