1944年8月4日上午十点到十点半之间，一辆汽车停在安妮（弗兰克）家门口。身穿制服的党卫队队长卡尔·约瑟夫·希伯鲍尔上楼，身后跟着至少三个穿便装、携带着武器的绿军护卫。很显然，这个藏身点已暴露。仓库工人范马伦先生真的被怀疑了。但两次严刑逼供都没有得出任何他们想要的结果。“绿军”逮捕了除了梅普和贝普之外的八个躲藏在这的人，以及帮助他们躲在这儿的库格勒先生和克莱曼先生，并拿走了所有值钱的东西和现金。
在被捕后的一天，库格勒和克莱曼在被送去审查监狱的路上逃跑，一个月后在阿姆斯特丹被发现，并被带回。然后未经过任何合法程序，他们就于1944年9月11日在警方的阿默斯福特难民营被定罪了。克莱曼由于健康问题在1944年9月18日被释放，并于1959年在阿姆斯特丹去世。在被送到德国劳役之前，库格勒在1945年3月28日才成功逃跑。1955年移居加拿大，于1981在多伦多去世。贝普于1983年在阿姆斯特丹去世。梅普和丈夫生活在阿姆斯特丹。
犹太人被送往集中营，四天后拘留在阿姆斯特丹，接着被送到在韦斯特伯克的荷兰“犹太难民营”。1944年9月3日，“犹太难民营”里最后一批犹太人从韦斯特伯克押送到东边的难民营，并于三天后到达波兰的奥斯维辛。
据荷兰红十字会称，范达安先生于1944年9月6日到达奥斯维辛，并于同一天被毒气杀死。不过根据弗兰克先生回忆，范达安先生是在几个星期之后，也就是1944年的10月或者11月，在毒气杀人最后阶段前被杀死的。奥古斯特从奥斯维辛被带到卑尔根-贝尔森和布罕瓦尔德，于1945年4月9日到达特里希，后来又被抓去其他集中营。他具体的死亡日期无从考证。
1945年1月16日，彼得·佩尔斯（范达安）在一支从奥斯维辛到毛特豪森（奥地利）的疏散队伍中被抓，死于1945年5月5日，那天距离解放日只有三天。
1944年12月20日，弗里茨·菲弗（阿尔贝特·杜赛尔）先生在诺因加默集中营去世。此前他曾被抓去布罕瓦尔德集中营和萨克森豪森集中营；弗兰克太太由于疲劳和饥饿于1945年1月6日在奥斯维辛伯克那集中营的女室里去世。
10月末，玛戈特和安妮被所谓的疏散运输队押送到位于吕纳堡荒野的卑尔根-贝尔森集中营。由于卫生条件糟糕，1944年到1945年间爆发伤寒传染病，上千名囚徒成为牺牲品，这当中包括玛戈特和随后几天也死去的安妮——她们的死亡日期应该是在2月末到3月初之间。两个女孩的尸体很可能埋在卑尔根-贝尔森的万人坑。
1945年4月12日，集中营被英国军队解放。弗兰克先生是八名藏在隐秘屋的犹太人中唯一的幸存者。他在奥斯维辛集中营被苏军解放后，随船途经乌克兰敖德萨顺利到达马赛，1945年6月3日到达阿姆斯特丹，在那一直生活到1953年，之后他投奔了他的兄妹，定居瑞士巴塞尔，和来自维也纳的艾尔弗里结婚了——她和弗兰克先生一样，是在奥斯维辛集中营中幸存下来的，但是在毛特豪森集中营失去了丈夫孩子。
直到1980年8月19日去世，奥托·弗兰克都生活在临近巴塞尔的比尔斯费尔登，将余生都贡献给了女儿安妮的日记。