可惜足利义满并没有胃口一举将浓、尾、势三国吞下，战争的结果，只是勒令土岐康行将美浓守护职交给其叔父赖忠，把土岐氏一分为二，暂时遏止了其势力的发展而已。
第二年（1391年），拥有七国守护职，在四国和山阳道都举足轻重的细川势力卷土重来，斯波义将被迫辞去执事，让给细川赖之的养子细川赖元。这是当年四月的事情，随即十二月就爆发了“明德之乱”。
“明德之乱”的主角是山名氏。山名氏本是新田氏的分支，但他们没有追随新田义贞，而是跟了足利尊氏，屡立战功，到了山名时义当家的时候，全族执有丹波、丹后、因幡、伯耆、美作、但马、出云、隐岐、备后、和泉、纪伊等十一国守护职，因为全日本才不过六十六国，故此人们都尊称山名时义为“六分之一殿”。
元中六年（北朝康应元年，1389年），山名时义去世，其子时熙继承了一门总领之职。山名氏同族的丹波、和泉守护氏清与丹后、出云守护满幸为了争夺家督之位，在足利义满面前进时熙的谗言。于是义满遂于次年（1390年）命令山名氏清、满幸讨伐山名时熙及其弟氏幸，并且承诺说：“如果成功，就将时熙兄弟的守护国赏赐给你们，但马给氏清，伯耆和隐岐给满幸。”义满很想趁着这个天赐良机一举击垮山名本家，所以还给蛰居赞岐的细川赖之写了密信，要他从四国出兵，协助平定备后。
山名时熙兄弟猝不及防，战败被迫隐居，足利义满削弱山名氏的计划完成了第一步，而细川赖之也因此功勋，得以重新参与幕政，其子赖元继任为将军执事。下一步，足利义满准备把下野的时熙兄弟再扛出来，反过来利用他们去打击得势的山名氏清和山名满幸。于是元中八年（北朝明德二年，1391年）十一月，借口山名满幸侵夺后元融院在出云横田庄的御料地，突然解除其丹后守护一职，并下令追放。山名氏清、满幸被迫举兵叛乱，于十二月间率领五千兵马直逼京都。
足利义满亲率直属武士“奉公众”及在京各大名的军队，总数估计近万，前往讨伐。在大内义弘、细川赖之、畠山基国等守护的奋战下，山名军很快就全线崩溃，山名氏清战死，满幸逃亡——是为“明德之乱”。战后，造反的山名氏被全数剥夺了领地，而站在幕府方的山名时熙兄弟只讨回了但马、伯耆、因幡三国——“六分之一殿”的后代，势力萎缩了七成还不止。
北畠亲房和《神皇正统记》
后醍醐天皇非常信任北畠亲房，他有意立次子世良亲王为嗣，就把世良亲王托付给亲房教导。然而元德二年（1330年），世良亲王突然病逝，北畠亲房因此引咎出家，法号宗玄。
元弘三年（1333年），镰仓幕府灭亡，六月，后醍醐天皇回到京都，随即任命北畠亲房的儿子、年仅十六岁的北畠显家为陆奥守，辅佐义良亲王镇守东北地区，亲房也跟随其子去到了陆奥。足利尊氏发动叛乱，南北朝开始以后，亲房提出“东国经营”的策略，亲自前往关东地区，想要分化瓦解跟随足利尊氏兄弟起兵的关东豪强们。
从延元三年（北朝历应元年，1338年）直到兴国四年（北朝康永元年，1342年），北畠亲房一直转战关东各地。然而他的努力却是徒劳的，建武新政早就寒了地方武士的心，关东豪强纷纷内通足利氏，亲南朝的据点被逐一拔除，北畠亲房最终被迫回归吉野。此后他跟随在后村上天皇身边，继续指挥对京方的战斗，正平九年（北朝文和三年，1354年）病殁于贺名生，享年六十二岁。
就在转战关东的那五年中，北畠亲房完成了他的重要著作《神皇正统记》。这是一部以朱子学为指导思想，以朱熹的《通鉴纲目》为模本的史书，记述从所谓“神代”直到南朝后村上天皇继位这千余年间的历史，更明确点说，是这千余年间的天皇史。亲房在书中宣扬“大义名分”，笔诛“乱臣贼子”，主张天皇必须拥有三种神器，并且具备神器所对应的正直、慈悲、智慧这三种道德，而公家、武士们则应当遵守传统秩序辅佐天皇，这样才能使政治稳定，社稷安康。
《神皇正统记》系统地阐明并且发展了传到日本的朱子学，将许多神道内容也糅合其中，宣扬日本“肇国悠久”、“皇位神圣”。可以说，北畠亲房的这种思想是近世日本神国体系以及在此基础上产生的军国主义思想的滥觞。