●毛利氏的壮大
毛利元就于弘治元年（1555年）通过严岛合战杀死了强敌陶晴贤，随即命三子分道直进，很快就灭亡大内家，吞并了防长两国。其长子、家督毛利隆元还将军势伸入九州，在丰前门司城大破丰后守护大友义镇。
转过头来，毛利氏又东进与尼子氏争夺石见诸豪族的支持。永禄三年（1560年），正亲町天皇即位，因献纳继位费用之功，毛利元就被封为陆奥守，隆元封大膳大夫，元春封骏河守。同年，幕府将军足利义辉促成毛利、尼子两家和谈，并赐隆元安艺守护职。十二月，正当壮年的尼子晴久去世了，其子义久继承家督之位。
此后三年，毛利氏东击尼子，西战大友，虽然仍是两线作战，但强弱胜负之势却与灭亡大内氏以前全然不同了。最终，在足利义辉的调解下，毛利元就与大友氏和睦，为隆元之子幸鹤丸和大友义镇之女商定婚事，毛利隆元更获幕府赏赐备中、备后、周防、长门四国守护职。
停止了西方战事的毛利元就倾全力向东，先后取下白鹿、江尾等重镇，击破尼子伦久（义久弟）、龟井秀纲的援军万人，最后团团围住尼子居城月山富田。这场围城战打了相当长的时间，直到尼子义久中了反间计，杀死老臣宇山久兼父子，导致军心混乱，局势才一发不可收拾。永禄九年（1566年）十一月，义久兄弟出城降伏，随即被送往安艺高田郡圆明寺幽闭起来——东中国地区曾经的第一豪强尼子氏就此灭亡。
其间在攻打名将松田诚保驻防的坚城白鹿城的时候，毛利氏当主隆元突然去世，享年四十一岁——传说他是被人毒死的。于是，毛利元就临时离开战场，回到吉田郡山城，为隆元十三岁的遗子幸鹤丸举行正式的元服仪式，并确定他为新的一门总领。幸鹤丸获得将军足利义辉赐字，取名为少辅太郎辉元。
此后数年，北九州战火再开，并且毛利氏南下将势力伸向伊予。仿佛一位英雄已经度过了他最辉煌的青年时代，现在的毛利氏，只是缓慢然而稳固地成长而已，过去的强大扩张态势，已经逐渐消失了。
就在这种背景下，尼子氏在山中幸盛等人的扶持下一度复兴。山中幸盛，通称鹿之介，乃是尼子氏谱代重臣山中三河守满幸之子。鹿之介十六岁的时候初阵，讨取了山名家勇将菊池喜八，威名大盛。永禄八年（1565年），鹿之介年仅二十一岁，毛利氏的尼子侵攻战开始了，毛利军总兵力三万五千，势如破竹，包围了尼子居城月山富田。
毛利方勇将品川大膳立马饭梨川边，看到一名身着赤丝威大铠、头戴鹿角胁立兜的武将在对岸驰骋，于是放声挑战。来将正是山中鹿之介，他大喝一声，接受了一骑讨，拔刀绕水来斗。品川大膳弯弓发箭，被鹿之介躲过——四周军兵齐声吆喝：“使用弓箭，何等的卑怯！”大膳于是抛却弓箭，提刀来迎。二人你来我往，反复数十回合不分胜负，最后全都下马掷去太刀，以短刀“组打”。先是大膳占了上风，把鹿之介压在身下，但很快就被对方巧妙地扳回了上风，并以迅雷不及掩耳之速，将短刀插入大膳的腹部。
山中鹿之介割下品川大膳的首级，大喊道：“今天，出云的鹿杀死了石见的狼（大膳名为狼之助胜盛）！”尼子阵中欢声一片。这段故事记载于《云阳军实记》中，鹿之介的勇名从此响彻整个中国地区。
然而，一将的勇斗无法挽救家族的灭亡，月山富田城终于陷落了，山中鹿之介流浪到京都东福寺，出家当了和尚。传说他对着家传的三日月鹿角兜发誓，宁愿天降七难八苦到己身，也要复兴尼子家。永禄九年（1569），鹿之介召集了各地流亡的尼子旧臣，拥立新宫党孑遗孙四郎胜久为主，在出云忠山，再度举起四目结（尼子氏家纹）的旗帜。一个月后，他更收复月山富田城。
次年（1570年）二月，吉川元春统率一万四千大军再次包围月山富山城。鹿之介以七千兵在城南布部山与战，大败而走末石。元春攻克富山，再取末石，鹿之介孤城难守，被迫出降，遭到幽禁。
初次起兵虽然失败了，但是山中鹿之介的决心并未因此动摇，他用诡计脱出囚禁，逃往近畿，暂时依附于织田信长。信长称赞鹿之介是真正的武士，赏赐名马四十里鹿毛，支持他回家乡去再和毛利氏捣乱。
几乎同时的元龟二年（1571年）六月十四日辰刻，毛利元就因为食道癌，病殁于吉田郡山城中，享年七十五岁。此后毛利氏就在毛利辉元的统治下，由辉元两位叔父——吉川元春和小早川隆景为辅佐，缓步向东扩展势力，终于加入了织田氏和本愿寺的战争。
●石山战争的终结
第一次木津川口海战结束后，为了重组对本愿寺的包围，天正五年（1577年）二月，织田信长亲统大军南下征讨纪伊的杂贺党。杂贺地区聚集着许多闻名遐迩的忍者武装集团，同时也是日本三大铁砲产地之一，长年来与石山本愿寺互通声气。织田军数次进攻本愿寺，都在杂贺党的铁砲面前吃过大亏。织田信长希望可以通过征服杂贺，斩断本愿寺显如的一条臂膀。
杂贺的根来寺暗中与织田信长联系，愿为内应，信长于是整军前往。经过一个多月的激战，土桥平次、铃木重意（杂贺孙一）、冈崎三郎大夫、松田源三大夫、宫本兵大夫、岛本左卫门大夫和栗村二郎大夫等七名杂贺首领联名签署誓书，表示臣服于织田氏。
天正六年（1578年）十一月六日，爆发了第二次木津川口海战。为了重组对石山本愿寺的包围圈，为了击败毛利水军，控制濑户内海，其实在去年第一次木津川口海战败退后，织田信长就下令九鬼嘉隆在伊势湾建造六艘巨大的新式战船。九鬼氏本是志摩国豪族，拥有强大的海军力量，还曾经作为倭寇的一部分，侵扰过我国东南沿海，因为船上习惯打着“八幡大菩萨”的旗帜而被称为“八幡水贼”。九鬼嘉隆是在遭到伊势国司北畠氏进攻时，经泷川一益介绍臣服于织田信长的。
本年六月，这六艘巨大无比，外包铁皮，配有摇橹六十支，内置大筒（火炮）三门、中筒（大火枪）二十四支、小筒（火枪）六十八支的战船终于完工了，被称为“铁甲船”。由泷川一益的一艘大安宅船为向导，七舰组成的船团顺风离开熊野浦，驶向濑户内海，首先在和泉淡路冲击败本愿寺的水军，然后在堺港停泊。
堺在战国时代的日本，是一个极为特殊的存在。堺港位于濑户内海西岸，最初重要性远不及尼崎、兵库等港口，但应仁之乱以后，细川氏统治此地，将它作为勘合贸易的基地，这才逐渐繁荣起来。除对外贸易外，堺也以刀剑、绢织物、漆器和铁砲生产闻名全日本，成为周边封建大名垂涎的一块肥肉。
在反抗封建大名的横征暴敛过程中，堺逐渐由门阀豪商组织起独立的管理机构，征召雇佣兵保卫城市，并且统一向封建大名交涉和缴纳赋税，变成了一座自由都市。耶稣会士伽斯巴尔在参观过堺以后，曾称其“富庶而和平，象意大利的威尼斯那样实行自治”。
这般自由都市，在战乱中的日本，并非独堺一座。永禄十一年（1568年），织田信长击败名义上统治堺的三好氏，为了将此地纳入自己的管辖范围，下令堺的管理机构交出矢钱（军用金）三万贯，遭到拒绝。信长准备动用武力征服，堺遂联合另一享有自治权的都市——摄津的平野，合兵抵抗织田军的进攻。
经过武力压迫和政治威胁，到永禄二十年（1569年），织田信长终于迫使堺屈服，承认他的唯一宗主权地位，并按一定数额缴纳赋税。控制堺市与堺港，大大充实了织田氏的军费和武器来源，而深通谈判之道的堺的豪商们，比如千宗易、今井宗久等人，也为信长和平统一许多地区，作出了不可磨灭的贡献。
因此，铁甲船团就以堺港为据点，频繁出击，配合陆军再度把本愿寺团团包围起来。十一月六日，毛利水军再度向本愿寺运送军粮，组织了由六百余艘大小舰船组成的大船团，来到木津川口。得到消息的九鬼嘉隆急忙率铁甲船团迎战，两军从早晨六时一直恶战到近午——这就是第二次木津川口海战。
虽然铁甲船规模巨大、防护严密，又配有相当数量的新式火器，但终究数量有限，要直接面对数百艘敌船，胜算是相当渺茫的。九鬼嘉隆看清了这一点，指挥船团尽量不与敌船靠近，而只远远地以大筒和铁砲轰击。毛利水军火箭如雨，却根本无法射穿覆盖在敌船体外的厚厚铁甲，而因为距离不够，手抛焙烙玉也根本无法伤敌。就这样，嘉隆顺利地将毛利水军击败，血洗了第一次木津川口海战败战之耻。
纵横濑户内海十数年的毛利水军大败亏输，这对毛利氏和本愿寺两方都产生了巨大的心理压力，对织田信长威信之上升，也起了相当重要的推波助澜作用。从此本愿寺外援断绝，困守孤城，支撑到天正八年（1580年）四月，终于被迫答应织田信长提出的屈辱的和议。在朝廷特使近卫前久、劝修寺晴丰等人的安排下，显如上人写下誓书，宣布停止对织田信长的抵抗，净土真宗放弃根据地摄津石山，以及北陆的加贺，前往它处和平传教。
显如上人随即离开本愿寺，遁往纪伊的鹭森隐居，其子本愿寺光寿（教如）仍然不舍这座本寺，但坚持到当年八月，终于还是被迫离开。名虽和睦，其实本愿寺势力等于彻底向织田信长缴枪，表示臣服，持续十一年的石山战争就此落下帷幕。
●“天下至恶”的结局
尾张的小诸侯织田信长所以能够在战国群雄中脱颖而出，与尾张国所处的地理位置、政治经济状况密不可分，同时和信长本人的性格与政策也是分不开的。织田信长最大的性格特点就是藐视权威，他敢于革新，只要有利于自己的统治，任何势力都可以打倒，任何情感都可以抛弃。
从尾张时代起，织田信长就非常注重商业的发展。当时日本大小诸侯割据，道路残破，关卡林立，城下町的商业也多被当地行会所垄断，非常不利于商品经济的发展。信长花很大精力修葺道路和桥梁，废除领地上的关卡，同时采取“乐市乐座”制度，以打破行业垄断。所谓“乐市乐座”，是指在城下町专辟场所，任何人都可进入经营商业，只要按时向领主缴纳赋税，就不必经过当地行业公会同意。这种领地内的自由贸易政策，信长并非始作俑者，只不过他执行得更为彻底和完善而已。此外，信长还铸造“大判”（一种金币），统一领内的货币。
在农业方面，织田信长一方面强力镇压一揆，一方面确定封建领主制，采取“兵农分离”、“检地”（重新丈量土地，确定准确的年贡额）和“刀狩”等政策，力图将农民牢牢禁锢在土地上。当时大部分封建诸侯并无常备兵，武士除还要担任行政任务外，也可能下地种田，农民在作战时也会被临时征发入伍。信长采取“兵农分离”政策，把武士常备兵化，而禁止农民脱离生产，加入到争斗的行列中去。这一政策，后来更发展为“刀狩”，即没收农民所持有的武器，以防转业和暴动。
政治方面，织田信长先是挟室町将军以号令天下诸侯，继而废黜足利义昭，灭亡室町幕府。同时，他尊奉天皇朝廷，希望建立双头傀儡政治，对足利义昭产生一定制约，而等义昭已被放逐，他又以“征伐未尽其功”为借口，放弃了朝廷赐予的一切官职，想把天皇朝廷也一脚踢开。为了将织田政权名正言顺地纳入天皇朝廷体系，天正九年（1581年），正亲町天皇遣使赴信长处，希望他可以担任左大臣一职，然而信长竟以天皇退位作为条件：“若诚仁亲王得以继位，我将担任官职，悉心辅佐。”为了对抗朝廷，他甚至策划扛出足利义昭之子足利义寻担任第十六代幕府将军，反过来分割朝廷的影响力。
这种藐视甚至完全无视权威的激进做法，无疑把织田信长推到了一个与天下各势力为敌的危险境地中。再加上他唯力为视，对百姓则严刑峻法，对家臣则要求严苛，微过必惩，就在他达到辉煌顶峰的时候，织田政权内部各种矛盾就已经开始激化了，反叛此起彼伏。
首先是松永久秀的谋叛。似乎脑有反骨的久秀，前此已经多次向织田信长掀起过反旗了，只因畿内尚未平定，信长在快速进攻，打得久秀开城投降后，也就只给小惩大诫，依旧允其重归家臣团。但是到了天正五年（1577年），听闻“越后之龙”上杉谦信将要上洛的消息后，松永久秀、久通父子突然从石山本愿寺外撤兵，退守居城大和信贵山。信长立派长子织田信忠集合畿内兵马前往讨伐。十月十日，松永久秀弹尽援绝，自杀而亡，结束了他相当富有戏剧性的一生。
松永久秀这个“天下至恶”，毕生行事往往出人意表，认为是该谋叛的时候，他总是忠诚地跟随着信长，以效犬马之劳，而当谁都不注意他的时候，久秀却开始蠢蠢欲动——就连最后的自杀，他也表现得与众不同。据说信长一直垂涎久秀收藏的名茶器“平蜘蛛釜”，但软磨硬泡，用尽种种手段，久秀却坚持不肯献上。此次信贵山城被围，信长传话说：“交出平蜘蛛釜，我就饶你一命。”久秀闻言冷笑：“我已经快七十岁了，去日无多，何必要你饶恕？不过，你也休想得到我心头至爱。”于是把平蜘蛛釜内塞满火药顶在头上，引燃火绳，“轰”的一声，“天下至恶”与“天下至宝”一起化为飞灰。
爆炸所引起的大火，烧尽了信贵山城本丸，松永一族男女老幼全都葬身火海。恰好就在十年前的同月同日，松永久秀与“三好三人众”相争，为了避免奈良东大寺的大佛殿被敌人占领作为据点，干脆放一把火，将这座千年古刹烧为灰烬。十年以后，久秀自己也化为了灰烬，时人都说这是上天对恶徒的惩罚。
而在此前的天正元年（1573年），松永久秀的旧主三好义继已经去世了。当年十一月，三好义继、松永久秀等人呼应足利义昭起兵造织田信长的反，结果在信长大军压境后，久秀及时降伏，免于一死，义继却是死脑筋，坚决不降。结果三好氏本城若江城被攻陷，义继愤懑恐惧之下，亲手杀死了自己的妻子儿女，然后十字切腹而死。
●荒木谋叛
第二个向织田信长掀起反旗的重要人物，乃是摄津守护荒木村重。荒木氏本是丹波豪族波多野氏的同族，荒木高村时代移住摄津川边郡的小部庄，出仕于豪族池田长正——高村的孙子就是荒木村重。永禄十一年（1568年），织田信长奉足利义昭进京，义昭即封和田惟政、池田胜正（长政之子）、伊丹亲兴三人共任摄津守护职。
作为池田胜正重臣和女婿的荒木村重，最初并非亲织田派，反而与三好氏暗中一直有所往来。织田信长与浅井、朝仓氏恶战的时候，荒木村重策应三好氏，与织田讨伐军连番恶斗，元龟二年（1571年）更在白井河原杀死了摄津三守护中最具实力，也最受信长信任的和田惟政——此人权势薰天，曾被传教士弗洛伊士称为“京都之副王”。
然而最终荒木村重还是投向了织田信长的怀抱，通过织田重臣细川藤孝的居中联络，天正元年（1573年）三月，他主动进京谒见信长。当时江州战事未毕，信长无力西顾，于是关照村重：“摄津就交给你了，想怎么办就怎么办吧。”在信长的默许下，荒木村重很快就颠倒了主从关系，放逐池田胜正，将池田氏纳入麾下，并攻克了伊丹城——这是三守护之一、支持足利义昭的伊丹亲兴的本城。
攻克伊丹城以后，荒木村重对其大胆改修，建成难攻不落的要塞，改名为有冈城。有冈城本丸四周由石垣防护，外布野宫砦、昆阳砦、上腊冢砦、鹎冢砦、岸砦五个附属城堡，其结构为当时首创，尤其利于防护铁砲的射击——后来丰臣秀吉修建的一代名城大坂，在相当程度上就借鉴了有冈城的设计。