忍者时代的终结
战国时代产生了很多忍者集团，受雇于封建大名，帮他们完成侦查、刺杀、搜集情报等秘密工作。不过当时这种集团的名称还并没有统一，比如武田信玄的御用忍者就被称为“乱波”。可是这种集团到了和平时期，就会变成社会动乱的根源，所以织田信长父子才会在忍者的大本营伊贺展开大屠杀，想要将此毒瘤彻底铲除掉。那么，和平的德川幕府时期，是否还有忍者存在呢？
首先咱们要说说伊贺三上忍之一的服部氏。服部氏历代当主都沿用“半藏”的通称（再如风魔众的首领历代都称“小太郎”），从某一代半藏起，离开伊贺的崇山峻岭，前往三河，出仕于德川家，其子就是著名的服部半藏正成。正成可谓是从阴影里走到阳光下的人物，成为家康麾下赫赫有名的武将，人称“鬼半藏”。
传说本能寺之变发生以后，德川家康穿越伊贺的群山回归三河，全靠了服部正成联络伊贺残党，一路护送，才没出什么危险。事后家康不但重赏这些忍者，还把他们收为家臣，安排在正成麾下，建立起名为“伊贺同心众”的组织，为德川氏搜集各方面情报、擒杀异己分子，作出了巨大的贡献。但“伊贺同心众”已经和真正意义上的忍者集团不同了，尤其在德川氏统治整个日本以后，他们的主要工作逐渐变为搜集自己领内的情报、追捕反叛分子和犯罪者，换句话说，主管治安，部分职权和后世的警察，尤其是秘密警察非常相似。
元和元年（1615年），正就参加了大阪夏之阵，希望能够将功赎罪，可惜武运不佳，战死沙场。他还有个弟弟名叫服部正重，因为牵涉到老婆娘家（大久保长安）的犯罪事件而遭到流放，最后客死异乡。
服部家虽然等同于灭亡了，但“伊贺同心众”依旧存在，服部半藏之名也一直流传到今天。江户城中留下了“半藏门”的古迹，据说乃是服部正成亲自设计并督造的，以便发生变乱时，德川将军可以经此逃离，沿甲州街道逃往甲府城。“半藏门”外还挖有“半藏壕”，明治维新以后，天皇移居东京（即江户），新的宫殿就设在半藏门和半藏濠附近。
此外，富有传奇色彩的还有柳生一族，他们本是大和奈良柳生庄的小豪族，战国后期出了一位武艺超群的总领柳生石舟斋宗严，被称为“剑圣”。宗严的儿子为但马守宗矩，乃是德川幕府二代将军秀忠的亲信，历任秀忠、家光两朝，最后领有大目付之职。大目付就是最高监察官，负责监督政府各部门的工作和监视各地诸侯的动向。因为权势熏天，同时任此情报要职，柳生氏背后的阴影就逐渐被发掘或者说被编造了出来。
然而拨开重重迷雾，柳生一族究竟是否忍者集团呢？上世纪初在东京练马区广德寺柳生冢中出土的一副黄杨木假牙，着实让历史学者们大吃了一惊。因为传说柳生忠矩的继承人宗冬曾于幼年时拔去满口牙齿，装了一副精致的黄杨木假牙——那是忍者为了方便化妆，想扮老人就扮老人，想扮少年就扮少年，想装男就装男，想装女就装女，连牙齿都露不出破绽来，而必须忍受的手术。这副假牙即便不是宗冬本人的，那也一定是柳生家族重要人物遗留下来的，柳生氏之与忍者有关，似乎是无可疑了。