朱由崧当即传旨，任命郑芝莞为金门总兵，让贺金武为副总兵，给他们俩留下3000水师，负责大小金门岛上的军事防御，重新修筑岸上的防御工事，炮台等。
郑芝莞没想到朱由崧这么器重他，不但没有杀他，还给他兵权，让他守岛。郑芝莞感激涕零，从此死心塌地地归顺了大明朝。
在岛上仅住了两天，朱由崧便带着贺宣娇，刘文秀，郑成功，郑鸿逵，刘国轩，李全夫妇等，率领水师主力返回厦门岛。
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