5.被农民军拘管并献清廷说
还有人说，太子一直由农民军旗鼓王体中拘管在营，西撤时“体中挟太子随贼奔潼关”。李自成死后，“体中北归”，“十一月，体中献太子以付礼部”。
6.吴三桂索得说
若干史籍记载，山海关石河之战刚结束，李自成就遣使同吴三桂议和，吴三桂乘机索取太子，有的甚至说已索回吴三桂军中。
文秉《烈皇小识》说，山海关石河战罢“次日，令降兵部郎张若麒奉太子如三桂营请罢兵。三桂留太子而益治兵，破逆成于关内”。
彭孙贻《流寇志》记：四月二十一日，自成屯永平，“使张若麒赴三桂军议和”。吴三桂提出归还太子二王、迅速撤离京城等条件。自成应允，“旋师至京，送太子赴军前”。
《流寇志》引许重熙《甲乙汇略》所记稍异，称和议出自三桂，“并请太子”。“自成命张若麒奉太子赴三桂军中，请各止战。
三桂约贼速离京城，即将太子即位。
自成如约就盟，遂旋师……三桂弃定王于永平，专奉太子整军东行，移檄远近。”
计六奇《明季北略》也引用此段，并说三桂传帖至京，“言义兵不日入城，凡我臣民为先帝服丧，整备迎候东宫”。
五月朔，“皇太子在三桂军中传谕，京中官民各宜整肃静俟。士民大喜相庆……
此外还有跟随李自成军东征劳累病死说，死于乱军说，被闯军杀害说，流落民间说，流亡日本说……
不下十几种说法。
综合各种说法，应该认为，农民军占领北京后，太子和二王，落到李自成手中，是比较可信的说法。
之后是随之东征，死于军中或者落入吴三桂手中，抑或是设法逃脱，流散民间，则不可考证。
随后，则是甲申年十一月，在北京爆发的“北太子案”。大致经过如下：甲申年冬十一月，有一个貌似太子的人，同常侍（即常进节）投嘉定侯周奎（太子外公）府中。后来被周奎出卖，献给清廷。说是他个假冒太子的人。
《甲申传信录》与佚名《鹿樵纪闻》、抱阳生《甲申朝事小纪》等比较，虽有文字详略之异，内容要点则同。
随后，清廷开始审理此案。
首先当然是要辨明真伪，据史料记载，当时内监常进节、杨玉、曾侍卫太子的锦衣卫校尉十人、指挥李时荫等都称其真。
大学士谢升，冯铨，洪承畴，晋王朱求桂，崇祯的贵妃袁氏，则称其是假。曾被崇祯亲自斩断一臂但大难不死的长公主长平公主（此时养在外公周奎家），也说他不是真的。
清廷很快就以“假太子”的名义，将太子杀害。