但风向后来立即有了变化，如之前丘橓所弹劾的官员，就有不少人在这时喊冤叫屈。
特别是他主审张居正案，籍没张家之事，被拿出来说。他逼死张敬修，以及辱及张家女子，欺负孤儿寡母之事被公之天下。
最重要是他言之凿凿说张居正贪污了两百万，但最后抄家只得二十万两，甚至连寄脏的曾省吾等三名官员家里都抄了，结果也还不到二十五万两银子。
但丘橓仍觉得自己没错，不仅没有把责任揽在自己身上，反而怪当时湖广官员纵容包庇，使得张家从容转移财产。
此事在街头巷尾议论纷纷，然后就有官员上表说丘橓，在抄没张居正家中所为，并质疑丘橓如此酷吏，那么他在河南办案，是否真的过苛？
此表一上，李植等当初弹劾过张党的御史们坐不住了，当场上奏章维护丘橓。
于是朝廷上奏章往来，成了一场骂战。但是这一次舆论都不站在，主持清算张党的李植等御史这一边。
追究当初丘橓抄没张家的奏章络绎不绝，与李植等御史形成骂战。
申时行府上一时间车马不绝，官员们都上门求申时行出面，在天子面前保下河南官员。
就在这时，林延潮的奏章抵京师。
林延潮奏章弹劾原归德府知府，同知主谋了御史被刺之案，河道衙门监督不利至河工敷衍，除此二处外，于河南道其他官员一字不提，等同于保下了这些官员。
林延潮奏章一上，本是磨磨蹭蹭一个月多的三法司会审官员立即精神抖擞，马上有了结论。归德府知府，同知为首犯，但河道衙门，及其余官员虽有失职之处，却并非大罪。
于是天子召三辅臣议事，最后商议此案。
当时议论经过外人不得而知，只是后世申时行所撰的文章中窥得一丝半点。
天子召三辅臣至乾清宫暖阁问道：“河南大灾，小民不得安生，其罪乃关于吏弊，或是朕德不修？”
申时行对道，臣等窃见近年以来，并非河南一地，各处奏报灾伤，如陕西亢旱、江南大水、江北又有蝗虫。但河南黄河冲决，委的灾伤重大。皇上圣德方隆，岂宜有此？这是臣等奉职无状所致。臣等自当痛加修省外，整治吏弊。”
天子容色稍宽曰：“丘橓参劾河道官员贪墨，不恤百姓。这些官员当如何处置？”
申时行对道：有司为民父母，若是贪赃坏法，百姓不得安生，自当问责有司。臣有等一得之愚，眼下河南百姓于水深火热之中，严惩贪官污吏并非治本之道，若要救百姓，平息民怒在于蠲免赈济。”
天子道：“太后说憨山大师有言，朕即位以来，虽是天下太平，但对官员惩罚不免太重，昔日张江陵之案，因言官弹劾不休，牵涉太多官员，官员们人心惶惶，以至朝纲动摇，故而天下才有这么多灾害。朕反思再三，打算恩抚天下。”
申时行道：“圣见高明，深切时弊。臣等不胜仰服。容臣等撰拟手敕，上请圣裁施行。”
天子道：“可。”