宗治将这一切尽收眼底。
他自然知道，这看似和谐的君臣表面之下，已暗流汹涌。
历史上这个时候细川国庆已攻占了京都，细川晴元狼狈逃去了丹波，将军义晴立马跳反，发出御内书，命令伊予的河野通直与丰后的大友义鉴商议，从背后攻击阿波的细川氏之与三好之相（即三好实休），迫使阿波众退回阿波。
两人彻底撕破脸！
这还不算，义晴在隔年（1547年）的一月，在近江坂本让六角定赖担任加冠使，为嫡子义藤（即足利义辉）举行元服礼，而按照传统本应担任加冠使的晴元被排除。
这次仪式还邀请了氏纲的代表参加，游佐长教则向义辉献上元服费用。
但接下来的一年时间，细川晴元纠集了三好丶六角的军势，反手一巴掌拍了回去。
先是在义晴的居馆外面兵谏，迫使其与自己达成和解。
后在后世大阪地区的舍利寺（即舍利寺之战）彻底击败了细川氏纲丶游佐长教联军。
最后在十月击败了细川国庆，细川国庆本人也当场战死。
乾净利落地将这次细川氏纲之乱和足利义晴的反击碾成粉碎。
大事未成的足利义晴，于天文19年（1550年）在忧郁和重病中切腹自尽。
这并不是说此时的幕府将军没有权力，恰恰相反，公方依然依然是天下武家共主，具有很大的影响力和权威。
各地的大大名，依然尊奉义晴，并通过各种利益交换，从义晴处获取政治丶经济权利0
例如天文九年（1540年）大内义隆请求将军义晴，希望得到筑前国内麻生氏（即日本前首相麻生太郎先祖）等奉公众家族的统治权。
原因也很简单，大内家虽然控制了筑前国，但当地的幕府奉公众从武家地位上来说，并非大内家的臣子，而是将军直臣，两者理论上是平级的。
大内家是武家名门，自然不想打破传统的家格秩序，于是就有了寻求幕府将军支持的需求。
幕府将军还掌握着勘合贸易的权力。义晴将也将之授予大内家，气得晴元眼红不已。
见将军置之不理，晴元便于天文十年（1541年）通过堺町豪商私自派出勘合船。（实是走私）
九州的大友丶相良丶岛津也试图私自开展勘合贸易。大内家为维护自身利益，又求到将军头上。
天文十四年（1545年），义晴赐予大内家「御船渡唐奉行」之职，使其获得打击走私船的大义名分。