其中，萨迦派兴起较早，早在元朝时期便已执掌藏地大权，因其僧人多戴红帽，俗称红教，如今的藏巴汗政权、藏地旧贵族以及各地地方势力，大多支持萨迦派；
而格鲁派则是明朝年间新崛起的教派，强调守戒律、清修行，僧人多戴黄帽，俗称黄教，虽崛起较晚，却凭借严明的戒律与独特的转世制度，迅速发展壮大，隐隐有取代萨迦派之势。
但要说起两教的渊源，那可就有意思了！
早在元朝时期，藏传佛教便传入蒙古，公元1247年的凉州会盟，萨迦派领袖萨迦班智达与蒙古阔端达成协议，藏传佛教正式进入蒙古上层社会，成为元朝的“国教”。
从此，蒙古以武力护持藏传佛教，西藏则以宗教为蒙古提供统治合法性，形成了“护法—护教”的共生关系，萨迦派也因此得以长期执掌藏地大权。