广州、肇庆、梧州、廉州在清初都曾是广东总督署所在，不过大部分时间广东总督署都设在肇庆。雍正七年(1729年)，广西一度暂归云贵总督兼辖，广东总督仍驻肇庆，只辖广东。
直至雍正十二年（1734年)，广西复归广东总督管辖，正式更名为两广总督，从此两广总督一职成定制，总督广东、广西两省，但驻地仍在肇庆。
到了乾隆十一年，时任两广总督策楞奏请乾隆将督署从肇庆迁往广州并获得乾隆的准许，广州方才再度长期作为广东省垣及两广总督署地存在。
当然，清初满清不将督署设在广州还有另一层原因，那便是明朝永历四年（满清顺治七年），即公元1650年年底，满清平南王尚可喜与靖南王耿继茂等清军勾结荷兰雇佣军，围攻广州整整十月，攻破广州後进行了空前绝後的屠城，广州为之一空。
勾结荷兰殖民者攻打南明、明郑的龌龊事满清也不止做过一次。
施琅攻期间，满清亦曾勾结过荷兰人，与荷兰签订了《清荷协约》，协约商定清荷联合消灭明郑政权後，清廷承诺将及所有城堡、设施移交荷兰。
攻失利的施琅亦曾私自约会荷兰东印度公司司令博特，企图将卖给荷兰。
因清荷尝试多次联合攻失败，荷方多次军事行动花费巨大，既拿不回，与清廷的通商诉求也无果。施琅两次征因风失败後，康熙暂时放弃武力攻，转而以迁界令封锁明郑，断绝了闽之间的直接贸易，殖民岛的经济收益大大下降，荷兰东印度公司经过评估认为继续经营并不经济，对失去兴趣，施琅卖才告失败。
若非两次风眷顾，以康熙彼时对的态度，极大可能将圆满地奉送给荷兰。
至於施琅为何在攻成功後态度来了个一百八度大转弯，极力要求设府管辖。
原因也很简单，一言以蔽之，无非是施琅夺後明郑数十年垦所获之沃土丰田，尽归其有，靖海侯（施琅）集团成了当地最大的地主集团，能在当地收地租，即所谓的施家大租。
後世出於政治宣传需要，称施琅为民族英雄，实际上此人不过是精致利己之投机者而已，一生所行之事，既不民族，也不英雄。
话归正题，满清直至乾隆年间才将两广总督衙门迁回广州，由此成为定制，很大一部分原因便是广州遭屠城之後，经过百年五代人的休养生息，广州方才重新恢复了晚明时期的繁荣。
广州十三行各家的极盛时期也都在乾嘉两朝。
而今距离两广总督正式移驻广州过去才不到百年，满清又再度向广州伸出了屠刀，这一次伸出屠刀的是叶名琛。
肇庆作为清初广东总督驻地，军事地位十分紧要，平定两广苗瑶等族叛乱，多从肇庆出兵，故肇庆府城高要城虽小，但当地的驻军十分可观。
不过眼下广州形势危急，叶名琛为保广州，已经顾不上其他地方的防务了。
肇庆的绿营和精锐团练，早被叶名琛调到了广州，目下肇庆府防务极为空虚，留守的经制军仅有一个肇庆营，其守是肇庆协副将兀紮拉·巴图，满洲正白旗人。
旗人主官主将意味攻城难度大大降低，和满清交手多年，这一点已经成为了北殿将士的共识。经过权衡评估，罗大纲觉得想要短期攻取肇庆并不难，且攻取肇庆的战略收益极大，遂派出了李瑞统带八旅二团并一个野战炮营，一个工兵连、一个民兵团溯西江而上，攻取肇庆府府城高要。
肇庆府无清军重兵把守，只有一些零星的绿营汛塘。
李瑞由西江一路向西进军，畅通无阻，前锋部队很快抵达了高要城东门庆云门外，并於庆云门外紮营，等待後续部队抵达後攻取高要城。