连是部队的基层单位，是军队建设的关键，复兴会支部要建在连一级。一连下辖三排，每排下辖三班。一班十人，一连可达一百人。
团为基本作战单位，可以单独到一地执行任务。一团辖三个主力营，另外配属侦察连、骑兵连、通信连、炮兵连、工兵连、特务连等直属部队。
师为战役级单位，可以单独组织一场战役，享有相当大的独立指挥权。
第三，完善指挥系统。团以上设置指挥机关，分为参谋部、政工部、保障部，直接为军政首长服务。
参谋部负责作战指挥，下辖侦察科、作战科、通信机要科、军务科等，首长称参谋长。
政工部主抓复兴会支部建设，下辖组织科、宣传科、干部科、教育科、纪检科等，首长称主任。
保障部负责后勤装备保障，下辖后勤科、军械科等，首长称部长。
第四，陆军、水师分立。陆军番号为左七军、水师番号为右二军，对外仍称太平军左七军、右二军。
左七军、右二军受复兴会总部直接领导。
左七军辖三个主力步兵师，另有炮兵团、骑兵团、工兵团、侦察营、特务营、通信营等直属部队。
冯桂芳任军长，邹世安任复兴委员，参谋长为卢波克。一师师长为徐琛，二师师长为倪云鹏，三师师长为雷振邦，各自兼任复兴委员。
倪云鹏是九江本地人，之前任左七军斥候总管，此次吴捷特别把他超拔为师长，成为一方大员。
水师这边，右二军军长为史潘西，复兴委员为张允华，参谋长为崔克。崔克为米国人，海军军官出身，与史潘西相熟，四十岁，参加过欧洲海战。
右二军下辖三师，一师以崔克兼任师长，主水战。二师以杨易峰为师长，主登陆作战。三师以晏仲武为师长，主船运。
晏仲武船民出身，在湖南岳州加入了左七军。
右二军另有九江码头、修船厂、姑塘造船厂等附属机构。
第五，军队要履行多种职能。复兴会抵达九江，并非只是为了单纯防守九江，而是要以九江为基地，长期经营九江。因此，军队既是战斗队，也是工作队，也是宣传队。
军队是战斗队，不言而喻，就是为了打仗，为了保卫九江。为了守卫九江，必须向南占据南康府，向西占据瑞昌府，向北渡江，占据黄梅，向东直抵湖口。
除了湖口由周庭森守卫，其他南昌、瑞昌、黄梅，三府县，必须尽快占领之。
军队是工作队，是指军队除了打仗，还要执行其他功能。譬如，军队占了城池，就要组织军政府。为了提高效率，政府应由军队接管，采取军政府的形式。
要把地主的土地平分给农民，这就要统计人口，测量土地，设计分地方案。这些工作，只能由军队来承担。