不管是朝廷，还是曾国藩，都认为江西战局关系东南大局。尽管湘军在九江大败，曾国藩还是执意留在江西，摆出一副死守江西的高姿态。这确实赢得了朝野上下一致好评。
然而，曾国藩却与江西官场交恶，使湘军在江西的处境更加艰难。江西巡抚陈启迈与曾国藩是同科进士，又是湖南老乡，本来是好朋友。
因曾国藩在江西设置厘金局，侵夺江西地方财权。陈启迈又插手湘军指挥大权，两人势同水火。
九江之战时，陈启迈在南昌，曾国藩在九江，两人尚能维持表面的和气。九江之战后，曾国藩困守南昌，与陈启迈同处一城，两人矛盾急剧激化。
7月底，曾国藩忍无可忍，上书参劾陈启迈，说他“颠倒黑白”、“多方掣肘，动以不肯给饷为词”，威胁咸丰“恐误大局”。陈启迈亦不甘示弱，纠集部下上书参劾曾国藩。
咸丰帝还要指望湘军打仗，只得让步，将江西巡抚陈启迈、按察使恽光宸革职。耐人寻味的是，咸丰帝并未升曾国藩为巡抚，而是调湖北布政使文俊担任江西巡抚。
这一场闹剧，以曾国藩、陈启迈的两败俱伤而告终。从此之后，江西官场对曾国藩更是敬而远之，表面顺从，暗地里刁难。
除此之外，曾国藩的幕僚们也纷纷离他而去。明眼人都看得出来，江西战局已是死局，再不撤军止损，恐怕又要重蹈九江之败。
就连曾国藩的心腹幕僚、好友刘榕也要向他告辞。当时，湖南士人圈子里有三个公认的大才，都可比肩诸葛亮，是为老亮罗泽南、小亮刘蓉、今亮左宗棠。
刘蓉日后亦跻身督抚，太平军翼王石达开便死于刘蓉之手。曾国藩惊闻刘蓉也要离他而去，送了首歪诗给刘蓉：
“虾。豆芽。芝麻粑。饭菜不差。爹妈笑哈哈。新媳妇回娘家。亲朋围桌齐坐下。姑爷一看肺都气炸。众人不解转身齐望他。原来驼背细颈满脸坑洼。”
刘蓉看罢，只好哈哈大笑，留了下来。
危难之际，常州人周腾虎前来南昌投靠曾国藩，令曾国藩感动不已。周腾虎又向曾国藩推荐了自己的小舅子赵烈文，说服曾国藩厚币招揽赵烈文入幕。
趁局势有利，吴捷调兵遣将，开始谋划进攻南昌：
一、吴捷带领司令部南下，亲自指挥前线战事。
复兴会政工部长李雲负责留守工作，总理一切军政事务。左七军复兴委员邹世安辅助李雲，主持日常大小事务。
左七军第三师抽调兵力渡江南下，负责保卫九江复兴会总部、中兴公司、姑塘造船厂、九江实务学堂等要地。具体防御事宜，由第三师师长雷振邦负责。
第三师一直据守在湖北黄梅，为九江城防扩大防御纵深，也为复兴会在江北打下一个牢固的立足点。遇有大的战事，吴捷照例要从第三师抽兵，负责九江城防。
二、调湖口太平军黄文金部、彭泽太平军周庭森部沿鄱阳湖东岸南下，参与南昌之战。
赣东方面的太平军，由左七军参谋长卢波克统一指挥，担任助攻任务。其中，太平军黄文金部、周庭森部绕道赣南，进攻抚州、建昌两府，从南翼围攻南昌。
吴捷特意指示卢波克，要他率领左七军从广饶州进入南昌府，对抗湘军李元度部。