以原右屯卫军所部和右军余部，再加上徐虎子部，共计三万人，整编成新的右屯卫军，以张文远为主帅。
以原左军余部和焦方杰所部再加上归义右军巴廉部合编为镇辽军，共计三万人，以蔡知运为主帅，负责驻守辽东。同时黄明远又把堂弟黄明信调入其中。
左武卫军扩编为三万，直接受黄明远指挥。
其余归义军和顺义军，整编为镇屯十二营，共计四万人马。
各部彻底被黄明远打散。
经过整编之后，黄明远手上有二十二万主力军，七万民族军，还有两万多各地卫戍的府兵。
此时的黄明远已经初步具备问鼎天下的实力。
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