至于龟兹的行政机关，也被废止，取而代之的是隋官。
黄明辽乃下令，在龟兹旧地，设延城（龟兹都城）、拜城、南轮台（今新疆轮台县南）三县，再加上之前设置的乌垒县，置龟兹军镇，以伏延旺荣为镇戍使。
而西部的姑墨、温宿、尉头之地，分别设拔换（姑墨城）、大石（温宿城）、尉头（据瑟德城）三县，并置姑墨军镇，以黄明诚为为镇戍使。姑墨军镇除辖三县，还在勃达岭（今新疆乌什县西北别迭里山）设勃达戍，以拱卫西北。
各县上暂不设郡，以军镇辖之，实行军管政策。
隋军拿下了天山以南最大的龟兹，基本上算占领了半个天山以南。
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