对于这些宗室，朱以海也是数次调整宗室制度。
让宗人府负责安置这些宗室在各地落户。
宗位爵位大改，俸禄大降。
仅保留不多的藩，世袭罔替，其余的都要降等袭爵，庶出还要降二等袭爵。
不过朱以海改革了这些后，也给宗室一些好的福利待遇，比如允许他们自己取名字，自己娶妻嫁女，允许他们读书参加科举，也允许他们当兵，可以做官。也可以去经营四业，为工为商。
取消了许多限制。
另一方面，宗室俸禄大降同时，对宗室里新出生的人口，发放一份口粮，到六岁时，减半，发到十二岁为止，这份口粮是每月六斗米。
而宗室年满六十岁，又可以领养老口粮，每月六斗，直到去世。
宗室儿童读书，还发给一份补贴，一月三斗米。
这些口粮，不由户部国库出，而是皇帝的内帑里拔出，相比过去，这笔补贴粮其实不多，还没给各地县学里秀才廪米多。
宗室的俸禄比朝廷官员俸禄，要低了几档次，基本上也就是养家糊口，想继续以前优越的生活是不可能的，得自己做事，不管是读书做官还是当兵吃饷，还是务农经商等，都得自力更生。
像以前一样，亲王禄万石，一品官才年千石的事不可能了。
除了几大****世袭不降，但他的其余嫡庶子却都要降等袭爵，庶出的还要一次降二等，一直降下去，爵位也是越降越低，甚至最后只能保留一个宗室子弟的头衔，一个月只能领二两银子六斗宗米而已了。
甚至新制度还规定，皇族女子出嫁后，就没再有俸禄供养了，她们的丈夫驸马、仪宾什么的自然更不可能有。
这些改革力度之大，甚至比当初刘宗周上的那些改革建议还要强许多。
不过刘宗周认为皇帝给百官加俸禄，给士兵厚饷，这等于把好不容易减下来的那点，又给搭进去，还要再找补许多。
因此他强烈建议，百官不能加俸禄，士兵更不能太过优厚，当兵打仗不是享受去的。
“刘总宪，如今不比以前，大明兴盛之时，斗米只要二十钱，一斤肉不过六七钱，一斤鱼一二钱而已，一两银子能买到很多东西，但是现在呢？虽然江南已经稳定，但物价仍然很高，现在广东米价是一石一两二左右，在浙江约一两三四，到了太湖周边则是一两五，而江西是一两六七，到了湖广四川是二两，
过了江更贵，现在淮扬一石米大约要三两，登州也要一两八。
在河南山东灾区，现在每石起码要银五两，还有价无市。
万历中期，南方一石米大约也就是五钱银，到天启崇祯初，南方一石米要一两。”