孙传庭收到旨意，逐移驻易州，等待再次查勘，此时又有保定府学教谕尹三聘告发孙传庭，称孙传庭乱抓百姓。
杨一儁再次核实孙传庭病情属实，并将尹三聘的告状称为“泄愤”而不受理。崇祯帝在杨嗣昌、高起潜等的影响下，已失去理智，得到杨一儁的回报后坚称孙传庭称病“显属欺罔”，并认为杨一儁在包庇他，遂将孙传庭和杨一儁两人一并革职，派锦衣卫将孙传庭逮捕入狱，时为崇祯十二年（1639年）七月二十三日。
此至，清兵入关没多久，大明最后一个名臣孙传庭被崇祯关了起来，并且一关就是三年。
因为此次入关大明朝损失惨重，济南重城被破，藩王被杀，数万明军阵亡，崇祯在战后立马开始清算。
崇祯十二年四月，他以失地之罪，一次斩杀了蓟镇总监邓希诏、分监孙茂霖，顺天巡抚陈祖苞、保定巡抚张其平、山东巡抚颜继祖，蓟镇总兵吴国俊、陈国威，援剿总兵祖宽、李重镇等三十六名重要官员。
特别此次斩杀祖宽，进一步让祖大寿对崇祯感觉到了失望。
这时就看出客军总兵的不好和主军总兵的好处。
前面说过，大明有主军总兵和客军总兵之分。
像山东总兵刘泽清和祖大寿等，驻守临清，锦州等地，有地盘有驻地，能囤田收钱，可以养大量的私兵家丁，地位稳固。
祖宽是援剿总兵，临时组建，专门去各地打农民军，没地盘没囤田，粮饷全靠朝廷供给，和流寇差不多。
崇祯为捕杀祖宽，下旨召到他济南，以救死抚伤，重建济南为理由。
祖宽一听这是好事啊，兴冲冲的带了几十个家丁就赶去了。
他的大量兵马都被安置在济南城外。
他前脚离开大营，后脚朝廷就有圣旨到了他的大营，把他的兵马全部调归其他总兵所有。
因为是客军，大伙跟谁都一样，自然没话说。
当时同样的命令也到了临清刘泽清手上，刘泽清多狡滑啊，还是说自己腿伤没好，派了个参将过去，自己继续守着临清。
他任山东总兵多年，驻守临清，挟空四周各县，商人们进出各县城，都要向他交钱，有钱有地盘，养了大量家丁，只要他不走，朝廷是拿他一点办法也没有。
于是等祖宽一到济南，就被抓起来了，然后就被崇祯砍了头。
祖宽虽然在此战中出工不出力，但曾经也是立下好多战功，崇祯说杀就杀了，实在让辽东诸将们寒心。
但相比这些人，有部明军却在这次清兵入关中表现不俗，无论是丁毅的兵马还是王卫忠徐敷奏，都是立下大功，阵斩清兵数千，可谓大明有史以来的大胜之一。
其中仅女真首级就达一千多，更有贝勒岳托在内。