不过，当西班牙想再征服南部时，便遇到比较大的阻力，南部土著强烈反抗，所以一直到二百多年后的19世纪，西班牙对南部地区的征服都没有实质性的成效。
在17世纪初期，西班牙对菲律宾地区的有效控制范围是以下这些地方：吕宋岛沿海地区（除吕宋岛东海岸和内地山区外）、比萨扬群岛的大部分（包括产品丰富的班乃岛等）。马尼拉成为西班牙人在菲律宾的活动中心。
西班牙征服这些地方后，在各地设立行省，由高官和总督控制这些省。在经济上，这些地方实行封建授地征赋制，同时实行重商主义，与全球其他地方的贸易持续了250年之久。在宗教上，西班牙人在中北部宣传天主教，让中北部的菲律宾人对天主教产生认同感，从而加强这些菲律宾人对西班牙的认同。
而赵大山打败了反抗力量后，就要考虑如何征服他们。
这方面西班牙人征服这里，和他们打败大员的荷兰人时，都有经验。
首先是没收所有当地西班牙人，和土著商人，日本商人的全部财产，简单来说，只要是有吕宋的有钱人，统统会被没收财产，然后被押去筑城和筑炮台。
只是这一步没收财产，赵大山总计得到九百六十万银比索，白银一百四十万两，黄金十二万两，（其中有金币五万多枚），绝大部份都是原来华商所拥有。
对待普通土著，丁毅这边更有经验，学习西班牙式的封建授地征赋制。
无论荷兰人在大员，还是丁毅在旅顺等地，基本也差不多是这样。
丁毅的套路就是比前任收税少。
他征服大员也好，占有济州也好，在大明登州也好，前期就是靠收税比前任少，来拉笼人心。
后期产量上来了，再提升税收，并有种种免税政策。
西班牙在吕宋收税标准是：当地土著囤田，亩收税为四成；华人囤田亩收税为五成。
土著经商，发放执照，每人每年五比索；华人经商，发放执照，每人每年八比索五里尔。
之前对华人的标准是相当高的，因为很多华人都是举家迁移过来，一家三口计，无论男女大小，都算人头费。
假设夫妻带个儿子，每年要交二十五比索，相当于十七两银子。
普通百姓都拿不出这么多银子，只有经商的人才拿的出。
赵大山在二月份重新颁布新的税率。
土著囤田，亩收税为三成，经商执照费改为核定商税：每户每年五两银子。（不论一户有几个人。）
华人囤田收税为二成；经商的华人，核定商税根据行业不等，每户每年三两银---五万两不等。
像以前理发，修鞋这些小生意，西班牙当局都是收八比索五里尔一人，一户三人就是十七两。