在到了明成祖的时期，朱棣便将锦衣卫镇抚司分为了南、北两司了。
而“南镇抚司”主要是负责本卫的法纪、和军纠；而“北镇抚司”是主要专理皇帝钦定的案件，而且拥有自己的监狱也就是诏狱，而且还可以自行去逮捕、刑讯、处决，还不必经过司法机构。
并且南、北镇抚司又下设了五个卫所，统领官称为千户、百户、总旗、小旗。
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