掌印部，负责元易殿一切事物。
元资部，负责宗门弟子薪俸及奖赏。
外御部，负责宗门外资产统计事宜。
内资部，负责宗门内资产统计事务。
查审部，负责宗门一切资产的审查工作。
以上是三殿下属五部的主要职责。
戒密院下属六科分别是：密保科，情报科，稽查科，警备科，戒律科，禁秘科。
密保科，负责宗门密保工作，主要是对宗门内部弟子的调查。
情报科，负责宗门情报工作，主要是对魔宗及修行世家的策反渗透。
稽查科，负责宗门对外稽查工作，主要是对宗门弟子的遇害失踪，还有一些非法组织的调查。
警备科，负责宗门的警备工作，主要是对宗门各处禁制的看守。
戒律科，负责宗门法规的执行，及对违反宗门规章弟子的审判。
禁秘科，负责宗门禁法秘术的研究。
内务院下属六科分别是：丹药科，器法科，符箓科，阵旗科，药草科，内勤科。
丹药科，负责炼制丹药，传授教导炼丹之法。
器法科，负责炼制器法，传授教导炼器之法。
符箓科，负责制造符箓，传授教导制符之法。
阵旗科，负责制造阵旗，传授教导制阵之法。
药草科，负责宗门灵药的培植管理。
内勤科，负责宗门弟子的内勤事务，主要是弟子命魂石的看管。
外务院下属六科分别是：护山科，外联科，经贸科，灵牧科，教务科，通讯科。