禹带领着伯益、后稷，应龙和一批助手，跋山涉水，风餐露宿，走遍了当时中原大地的山山水水，穷乡僻壤，人迹罕至的地方都留下了他们的足迹。
禹感到自己的父亲没有完成治水的大业而空留遗憾，而在他的手上这任务一定要完成。
他沿途看到无数的人民都在洪水中挣扎，他一次次在那些流离失所的人民面前流下了自己的清泪，而一提到治水的事，相识的和不相识的人都会向他献上最珍贵的东西，当然他不会收下这些东西，但是他感到人民的情意实在太浓太浓，这也倍增了他的决心和信心。
禹左手拿着准绳，右手拿着规矩，走到哪里就量到哪里。
他吸取了父亲采用堵截方法治水的教训，发明了一种疏导治水的新方法，其要点就是疏通水道，使得水能够顺利地东流入海。
他每发现一个地方需要治理，就到各个部落去发动群众来施工，每当水利工程开始的时候，他都和人民在一起劳动，吃在工地，睡在工地，挖山掘石，披星戴月地干。
他生活简朴，住在很矮的茅草小屋子里，吃得比一般百姓还要差。但是在水利工程他又是最肯花钱的，每当治理一处水患而缺少钱，他都亲自去争取。
他治水三过家门而不入，有一次他治水路过自己的家，听到小孩的哭声，那是他的妻子涂山氏刚给他生了一个儿子，他多么想回去亲眼看一看自己的妻子和孩子，但是他一想到治水任务艰巨，只得向家中那茅屋行了一个大礼，眼里噙着泪水，骑马飞奔而走了。
禹在治理水患期间，根据山川地理情况，将中国分为九个州，就是：冀州、青州、徐州、兖州、扬州、梁州、豫州、雍州、荆州。他的治水方法是把整个中国的山山水水当作一个整体来治理，他先治理九州的土地，该疏通的疏通，该平整的平整，使得大量的地方变成肥沃的土地。
然后他治理山，经他治理的山有岐山、荆山、雷首山、太岳山、太行山、王挝山、常山、砥柱山、碣石山、太华山、大别山等，就是要疏通水道，使得水能够顺利往下流去，不至于堵塞水路。
山路治理好了以后，他就开始理通水脉，长江以北的大多数河流都留下了他治理的痕迹。
他治水讲究的是智慧，如治理黄河上游的龙门山就是如此。
龙门山在梁山的北面，大禹将黄河水从甘肃的积石山引出，水被疏导到梁山时，不料被龙门山挡住了，过不去。
大禹察看了地形，觉得这地方非得凿开不可，但是诺大一个龙门山又如何是好，大禹选择了一个最省工省力的地方，只开了一个80步宽的口子，就将水引了过去。因为龙门太高了，许多逆水而上的鱼到了这里，就游不过去了。许多鱼拼命地往上跳，但是只有极少数的鱼能够跳过去，这就是我们后人所说的“鲤鱼跳龙门”，据说只要能跳龙门，马上鱼就变成了一条龙在空中飞舞。
正是在他的手下，咆哮的河水失去了往日的凶恶，驯驯服服地平缓地向东流去，昔日被水淹没的山陵露出了峥嵘，在他的带动下，经过十三年的努力，他们开辟了无数的山，疏浚了无数的河，修筑了无数的堤坝。
河川想要汇入大海，有些地方却是极为不易，此时应龙化为原形，以自己的尾巴在大地之上划下道道深深的鸿沟，让这些河川能顺利汇入大海。
又因为一些连接大海之地，需要丈量水位，不让海水倒灌，多宝便将刚刚炼好的定海神针送来给大禹。
有了应龙和定海神针相助之后，治水进展神速，大山终于豁然屏开，形成两壁对峙之势，洪水由此一泻千里，向下游流去，江河从此畅通。
至此，花了几百万洪荒纪元的时间，禹终于使得天下的河川都流向大海，终于治水成功，根治了水患。他也因此被人族尊称为大禹！
而禹在那些受水患的地方，因为刚退去洪水的土地过于潮湿，禹让伯益给民众种籽，教他们种水稻。
农田变成了米粮仓，人民又能筑室而居，让这些水患之地，再次的焕发生机，重新开始生活。