市政议会每3年改选一次。
而大明的地方政府授予澳门市政议会长官以“夷目”一职，做为中国官吏管理澳门的葡萄牙人。
明万历十四年的时候，葡属印度总督批准授予澳门“自治城市”的资格，由葡萄牙国王或葡属印度总督任命1名首席法官为官方负责人。
明万历四十四年的时候，葡萄牙任命第一位澳门总督卡拉斯科，不过他一直没有到任。
同一年，俗称三巴炮台的澳门大炮台建成。
明天启六年的时候，洛博出任葡萄牙管理澳门的第2任总督。
由于明朝廷无暇顾及，使得葡萄牙人已经在澳门建立起了文化，经济，军事，政治各方面体制和物质基础，相当一部分澳门汉人百姓选择拥护葡萄牙人。
朱由检不允许有这样的一块地区存在于大明的领土之内。