败报传来，丰臣秀吉异常恼怒，立刻剥夺了仙石秀久的淡路封地。然而就当四国联军在九州惨败的时候，秀吉对东方的外交策略却终于起到了作用，他以让母亲太政所探望出嫁的女儿为藉口，把母亲送去德川家当人质，终于换得了德川家康上洛谒见。于是次年（1587年）三月，新近获赐丰臣家名的秀吉亲自离开大坂城，统合麾下兵马进攻九州。虽然秀吉是名义上的总大将，但他并没有莅临第一线战场，真正的前线指挥者仍是四国征伐时的主将，也即其弟丰臣秀长。
因为丰臣秀吉出身寒微，没有谱代家臣，因此对这个唯一的弟弟秀长寄予了厚望，把麾下近二十万大军全部交到秀长手里。秀长果然不负兄长所托，指挥兵马快速挺进，岛津军在数量占压倒性的敌军面前，更在秀长无隙可趁的部署面前，终于被迫从北九州后退了。他们在日向国中东部的高城附近构筑起牢固的防线，以抵抗汹涌而来的丰臣大军。
四月六日，丰臣秀长率军包围了高城，高城守将还是那个在耳川合战中立过大功的山田有信，他组织了一支敢死队，数度夜袭丰臣秀长本阵所在地根城坂砦。到了四月十七日，丰臣方大将宫部继润利用大量铁砲的优势，终于将这支敢死队歼灭，据说杀死了八百余人。于是翌日，丰臣秀长下达了总攻高城的命令。
作为一座坚固的城塞，高城附近当然配备了很多砦子以拱卫城堡，这些砦子里大多配有铁砲手，丰臣军才一发动攻击，立刻硝烟腾起，铳弹横飞。然而岛津氏僻处西海，经济实力当然无法与控制了大半个日本国的丰臣氏相比，丰臣秀长以极大数量的铁砲与岛津兵对射，很快就将敌人压倒，进而攻克了高城。
高城的失陷，使得岛津氏在日向方面屏障尽失，于是家中气氛变得极为悲观，再战必亡、不如和议的舆论一时甚嚣尘上，岛津义久最终不得不直面现实，向丰臣政权递交了降书。这是天正十五年（1587年）五月的事情，就在当月，大友宗麟终于安然地辞别人世，享年五十八岁。
切支丹和切支丹大名
十六世纪初，欧洲进入大航海时代，首先远航到远东地区的是葡萄牙人，然后是西班牙人，以及英、法、荷兰人。1511年，葡萄牙人占领了马六甲，随即在东南亚大肆扩展势力，1553年甚至北上强占了中国的澳门。就在这种背景下，天文十二年（1543年），一艘开往宁波的葡萄牙商船遭遇风暴，漂流到日本九州的种子岛——这是日本人第一次见到所谓“南蛮人”，也是铁砲传入日本的开端。
最早来到日本的传教士是西班牙的耶稣会士方济各·沙勿略，他先在萨摩的鹿儿岛上岸，然后主要在九州北部的丰后府内和中国地区的山口传教，据说也去过堺和京都。从此以后，大批天主教传教士涌入日本，传播他们的教义。这些传教士乃是殖民势力的探路先锋，不过他们本身不能和殖民者等同起来，绝大多数传教士的本意只是“把日本人的灵魂从恶魔手中拯救出来”——已对乱世厌倦了的许多日本人，很容易就接受了这个鼓吹上帝面前人人平等的外来宗教。
甚至很多封建大名也受洗成为天主教徒（当然，他们中很多人只是垂涎南蛮贸易的利润而已），因为葡萄牙语基督教徒一词，日本翻译为汉字“切支丹”（也写作“吉利支丹”），所以他们也被称为“切支丹大名”。当时九州地区的切支丹大名是很多的，其中最著名的就是大友宗麟、大村纯忠和有马晴信。宗麟的洗礼名为弗朗西斯科，纯忠的洗礼名为唐·巴尔特罗密欧，晴信的洗礼名为唐·普罗塔基奥。这三个人一起出资搞了一场朝觐活动，于天正十年（1582年）派一群信教的少年武士前赴罗马朝见教皇——是为“天正遣欧使节团”。这群孩子还真的到达了目的地，并于八年后平安返回日本。
顺便说一下割据肥前国南部的大村纯忠，此人本出自有马氏（有马晴信是他侄子），过继并继承了大村家名。永禄六年（1563年），纯忠接受洗礼，皈依了天主教，传说他受洗的第二天就领兵上阵，前往支援兄长有马义贞。在出阵前，纯忠先把领内世代供奉、保佑战胜的摩利支天神像给烧掉了，在原供奉神像的地方竖起了十字架，以表示自己和佛教一刀两断的决心。
织田政权一直和天主教保持着密切的联系，因为切支丹百姓也好大名也罢，全都在九州及其周边地区，根本威胁不到织田信长的统治，而丰臣秀吉统一日本以后，却开始大肆迫害天主教徒，禁止日本人信仰这种外来宗教。江户幕府建立以后，在宗教方面的基本政策与秀吉如出一辙，五代将军德川纲吉认为“吉利支丹”这种好名字不能给外来的邪教，按照发音，从此就叫天主教徒为“鬼理死贪”。