吴捷投石问路，废除了太平天国原有的文艺政策、司法制度，取得圆满成功。但尚有政治、军事、圣库等诸多制度，事关太平天国国本，颇为棘手。
这类制度是太平天国根本制度。吴捷不敢轻易废除，否则，必将动摇太平天国“国本”，遭到强有力的阻挠。
可是，若不将其废除，就不能拨乱反正，就背离了复兴会的初衷。如何既能牢牢掌控太平军，又能改革太平天国军政制度呢？
吴捷想出了一条妙计：挟持幼天王、幼东王御驾亲征，调动左七军主力、太平军精锐，发动“二次西征”，打垮湖南湖北境内的湘军。
在此过程中，复兴会将向太平军展示武力，逐步改编太平军，再趁机废除太平军军政制度，正式改旗易帜。
翼王石达开亦将参与西征，前往四川牵制清军。石达开走后，左七军第二师雷振邦部接管安徽安庆府、无为州、和州等皖北重镇。
以二次西征为名，吴捷将大规模调动各地太平军，打乱太平军的建制。
一方面，集中太平军的精锐部队，包括陈玉成、李秀成、林启荣、黄文金、杨辅清五部兵马，一共两万余人，参与西征。这部分精锐太平军将打散配属给参与西征的左七军，每部兵马约四千人。
另一方面，将普通太平军调至江西、皖南、皖北三地。此三地都是复兴会的地盘，驻有复兴军，可以随时监视太平军，防止他们反叛。特别是驻守各地要隘的太平军，所处位置极为关键，必须调离关隘由左七军换防。
只有秦日纲、吴如孝等少数太平军大将继续留在东线，抗击清军江南、江北两大营。
吴捷带幼天王、幼东王二次西征后，天京改由康可铨留守，节制秦日纲以下所有东线太平军。
除了近卫团随吴捷西征外，吴捷把参与靖难的左七军、右二军全部留在天京，归康可铨统一指挥。
届时，天京城内的幼天王、幼东王、蒙得恩、赖汉英、陈承瑢等人都要随军西征。复兴会将从江西方面调拨干部，辅助康可铨在天京城内开展各项制度改革。
这是一个极为大胆的计划。即便是复兴军，也从未跨越如此远的距离，从未制订如此复杂的作战计划。
吴捷计划征调两万名左七军、一万名右二军，作为二次西征的主力。在此基础上，再配属两万名精锐太平军，一共五万大军，试图占据两湖，彻底消灭湘军。
就连康可铨也质疑这个二次西征是否可行。康可铨建议，不如先易后难，先打破清军江南、江北两大营，再溯江而上，打垮湘军。陈承瑢亦持这种意见。
吴捷却认为，二次西征实为必要：
第一，天京地处长江下游，为保天京，必须全力争夺湖南、湖北。
另外，复兴会的大冶铁矿、兴国锰铁矿都靠近湖北武昌，易受湘军威胁；江西萍乡的煤矿外运又不方便，若能占领攻占湖南，就能就近依托湘江，方便煤矿外运。
第二，满清能与复兴军、太平军为敌者，只有湘军和清军江南、江北两大营。湘军战斗力强，却不是正规军，受到清廷猜忌。江南、江北两大营是满清正规军，战斗力却很弱。
若复兴军先灭江南、江北两大营，将在无形中帮助湘军，提升曾国藩的地位。不如养寇自重，留着清军两大营虚耗清廷财赋，集中兵力先灭湘军。