初考完成後，考语需在本衙门公示三日，允许被考官员申辩。
若无异议，则由堂官签字画押，汇总造册送吏部。
为防止堂官专擅或敷衍，嘉靖朝後增设「访单」制度作为补充。
吏部向各衙门发放匿名访单，由同僚之间互相评监，收集意见。
访单结果密封送吏部，供覆核时参考。
但此制因易生匿名攻讦，时行时废，并非定例。
第二阶段为吏部覆核。
考功司接收各衙门报送的初考册籍後，进行核查。
核查内容包括：对照官员历年履历档案、核对访单意见、调阅相关公务文书。
若发现考语与事实不符，或存在疑点，考功司可发回重考，或会同都察院进行调查。
都察院十三道监察御史在此期间可对京察过程行使监察权，对不公不实之处提出弹劾。
覆核过程中，吏部会重点审查几类官员：
一是近年有被弹劾记录者；
二是考绩平平却升迁迅速者；
三是涉及钱粮、刑名等要职者。
核查完毕，考功司会商文选司，根据覆核结果，初步拟定官员的处置建议。
称职者留任或拟升，平常者留任或平调，不称职者拟降调，贪酷者拟革职并移交法司。
第三阶段为廷议核定。
吏部将覆核後的考语册及处置建议呈送内阁，由内阁召集九卿科道官员进行廷议。
廷议中，各部院堂官可对本部门官员的考语提出异议，科道官亦可就整体考察情况发表意见。
经过廷议辩论，形成相对统一的核定意见。